Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sdc1P18828 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ccnd3-218ENSMUST00000183177 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Magi2-202ENSMUST00000101558 6530 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Sdc1P18828 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Sdc1P18828 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms