Protein–RNA interactions for Protein: Q6IRU2

Tpm4, Tropomyosin alpha-4 chain, mousemouse

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Length 248 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Tpm4Q6IRU2 Bnc2-215ENSMUST00000176691 3385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Slc26a4-201ENSMUST00000001253 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Emp1-206ENSMUST00000205156 2911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Aqr-201ENSMUST00000043160 4888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Spin1-201ENSMUST00000095797 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Runx1t1-204ENSMUST00000105566 6090 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Tpm4Q6IRU2 Gm10729-202ENSMUST00000193403 1375 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Dnmbp-202ENSMUST00000212032 5074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm9924-202ENSMUST00000192760 2311 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Rab3d-201ENSMUST00000115351 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Opn4-201ENSMUST00000022331 2156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Prdm5-202ENSMUST00000031976 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Kif16b-201ENSMUST00000043589 6383 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Nfe2-205ENSMUST00000133600 1605 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Camk2b-203ENSMUST00000066431 1603 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Sema6c-201ENSMUST00000090821 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm13848-201ENSMUST00000130777 2047 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ano1-201ENSMUST00000033393 4585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Shc1-203ENSMUST00000107417 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm39377-201ENSMUST00000214587 2533 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Golga4-201ENSMUST00000084820 7583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mark2-215ENSMUST00000168872 2124 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Sesn3-207ENSMUST00000209187 1700 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Psph-201ENSMUST00000031399 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gnb1l-211ENSMUST00000167778 3569 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Zbtb7b-203ENSMUST00000107433 3650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 AC114543.1-201ENSMUST00000226451 1558 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Jazf1-201ENSMUST00000074541 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Glis2-201ENSMUST00000014447 3619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Pde4a-203ENSMUST00000115458 2962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Myc-205ENSMUST00000161976 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Myc-201ENSMUST00000022971 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ddx46-202ENSMUST00000172272 5676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ddx46-201ENSMUST00000099479 5664 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm13015-201ENSMUST00000118674 204 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Med28-202ENSMUST00000118833 734 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Nmi-205ENSMUST00000145481 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mir6990-201ENSMUST00000183724 91 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm38182-203ENSMUST00000192984 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Pcdhgc5-204ENSMUST00000193941 593 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Cenpp-201ENSMUST00000021818 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 AC090659.2-201ENSMUST00000225378 1186 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm5771-201ENSMUST00000049079 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Sbds-201ENSMUST00000026387 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ephb3-201ENSMUST00000006112 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Kyat1-205ENSMUST00000113662 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fbxo34-205ENSMUST00000168833 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Pygo1-201ENSMUST00000038489 7916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Kansl2-ps-201ENSMUST00000181818 1461 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Lsm11-202ENSMUST00000129820 6453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Canx-201ENSMUST00000020637 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Pfkfb3-212ENSMUST00000170196 2163 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Eif1ax-201ENSMUST00000087143 5172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fbxw9-201ENSMUST00000095220 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mettl3-201ENSMUST00000022767 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fbxo44-205ENSMUST00000151127 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Togaram2-205ENSMUST00000153445 3302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Litaf-201ENSMUST00000023143 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm4297-201ENSMUST00000119285 2579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Romo1-203ENSMUST00000109598 362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Cep250-203ENSMUST00000109618 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Rpl36al-203ENSMUST00000110620 757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm5566-201ENSMUST00000116118 459 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm25911-201ENSMUST00000157621 56 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm24158-201ENSMUST00000175263 71 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Cox6b1-201ENSMUST00000075738 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Polr2g-201ENSMUST00000096261 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Elmsan1-201ENSMUST00000046266 6848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Armcx1-204ENSMUST00000113198 2085 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mfap4-202ENSMUST00000064783 1722 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm7002-201ENSMUST00000221386 2165 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Pkp1-201ENSMUST00000027667 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Cacna1b-203ENSMUST00000100348 7182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ubap2l-204ENSMUST00000195995 3516 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Wdr81-204ENSMUST00000173320 6908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Kcp-203ENSMUST00000101614 4885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Lrrc8a-202ENSMUST00000113654 4194 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Hnrnpul1-201ENSMUST00000043765 3354 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fbf1-201ENSMUST00000103031 5252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm9754-201ENSMUST00000031305 3004 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mpp4-201ENSMUST00000066374 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mpp4-202ENSMUST00000078874 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Rp2-201ENSMUST00000033372 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 AC238940.1-201ENSMUST00000225106 1858 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Ppp4r3b-202ENSMUST00000102856 2410 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Gm26867-201ENSMUST00000180963 3615 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Slc6a19os-201ENSMUST00000022049 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Acaa2-201ENSMUST00000041053 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Crat-202ENSMUST00000102854 2160 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Mtus1-202ENSMUST00000059115 6548 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Eya1-201ENSMUST00000027066 4347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Tpm4Q6IRU2 Fer-202ENSMUST00000038080 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.1 ms