Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gm7030-203ENSMUST00000173322 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Mir99ahg-211ENSMUST00000183099 1189 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gm27989-201ENSMUST00000184721 107 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gm17837-201ENSMUST00000186435 985 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gnb4-208ENSMUST00000193050 423 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Neurl2-201ENSMUST00000042775 1014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gm7030-201ENSMUST00000046131 913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Tmem116-202ENSMUST00000060004 1297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gm10313-201ENSMUST00000095320 1002 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Gm10322-201ENSMUST00000095646 336 ntAPPRIS P1 BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Prrx1-204ENSMUST00000174397 6527 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Jakmip1-201ENSMUST00000043794 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Spg7-202ENSMUST00000125975 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Akt2-ps-201ENSMUST00000120718 1449 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Shd-202ENSMUST00000223629 1430 ntAPPRIS P2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Rasgef1c-202ENSMUST00000093141 2120 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Pi16-202ENSMUST00000114701 2756 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Pdk2-201ENSMUST00000038431 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Krt14-201ENSMUST00000007272 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Setdb2-201ENSMUST00000095775 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Aifm2-203ENSMUST00000099706 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Hipk4-202ENSMUST00000108353 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Zfp467-204ENSMUST00000114559 3163 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Comt-202ENSMUST00000115609 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Mrpl58-203ENSMUST00000106539 2522 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Slc38a7-204ENSMUST00000212270 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Cd200r1-201ENSMUST00000057488 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Hnrnpa1-201ENSMUST00000036004 1918 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Kcnc2-201ENSMUST00000092175 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
Lire1P11260 Unc119b-201ENSMUST00000060798 3659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Fnbp1-209ENSMUST00000113562 4515 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Hist3h2bb-ps-201ENSMUST00000117558 465 ntBASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm11773-201ENSMUST00000138256 497 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Cystm1-205ENSMUST00000152804 445 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Mccc2-201ENSMUST00000022148 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Aif1-201ENSMUST00000025257 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Khk-201ENSMUST00000031053 1257 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Casp16-ps-201ENSMUST00000088673 531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Rhox9-201ENSMUST00000089062 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Serpina16-201ENSMUST00000095451 1257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Esrrb-206ENSMUST00000167891 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Hspa4l-208ENSMUST00000204702 9479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Sarm1-201ENSMUST00000061174 4083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Arfgap1-214ENSMUST00000185115 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ebf1-202ENSMUST00000101326 3422 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Plppr2-202ENSMUST00000188468 1480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Nup88-201ENSMUST00000035283 2450 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Hes2-201ENSMUST00000030782 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Chmp3-201ENSMUST00000059462 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Lrig2-201ENSMUST00000046316 7099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Bcas3-201ENSMUST00000074875 2814 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Fktn-204ENSMUST00000221657 6241 ntTSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Tmem255a-203ENSMUST00000089056 1745 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Slc25a18-201ENSMUST00000112682 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Elf3-202ENSMUST00000185752 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ero1lb-202ENSMUST00000220811 3341 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Nrxn1-201ENSMUST00000054059 4697 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ncbp2-201ENSMUST00000023460 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Muc6-202ENSMUST00000189314 5087 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gpa33-202ENSMUST00000060833 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Rsl1-201ENSMUST00000021997 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ralgps2-214ENSMUST00000191605 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm8410-201ENSMUST00000117225 605 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm8116-201ENSMUST00000182917 1201 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm37277-201ENSMUST00000194052 1111 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Irs3-202ENSMUST00000196511 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ndufs6-203ENSMUST00000222930 512 ntTSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Reep6-201ENSMUST00000040081 850 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Olfr324-201ENSMUST00000054683 1122 ntAPPRIS P2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Clec4g-202ENSMUST00000062037 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm9949-201ENSMUST00000067743 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Tex13a-201ENSMUST00000096314 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Akirin2-201ENSMUST00000084299 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm13613-201ENSMUST00000126240 1444 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Ahsg-201ENSMUST00000023583 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Mterf4-202ENSMUST00000112942 1525 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm21009-201ENSMUST00000197169 1669 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm26841-201ENSMUST00000180725 1787 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Stra8-201ENSMUST00000031876 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm15477-201ENSMUST00000140578 2130 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm43156-201ENSMUST00000202338 2127 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 St3gal3-202ENSMUST00000097912 2143 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Kcnj9-202ENSMUST00000194204 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Coasy-202ENSMUST00000107308 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm42632-201ENSMUST00000201707 2411 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Pou2f3-202ENSMUST00000176636 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Il1rapl2-202ENSMUST00000113063 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Cacna2d2-204ENSMUST00000166799 3474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Rbbp8-201ENSMUST00000047322 3618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gzf1-201ENSMUST00000028928 4232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Adamts5-201ENSMUST00000023611 8091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Nfatc2-204ENSMUST00000109184 6828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Rundc1-201ENSMUST00000040561 3223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Scamp5-201ENSMUST00000046587 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Lire1P11260 Gm26631-201ENSMUST00000181462 2505 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.8 ms