Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Kctd18-202ENSMUST00000114410 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Creld2-201ENSMUST00000024042 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Zfp385a-201ENSMUST00000168828 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ttc24-201ENSMUST00000050258 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Smyd5-201ENSMUST00000045693 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Dzip1-202ENSMUST00000047208 4476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Sema6c-213ENSMUST00000168321 3553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Trp53i11-201ENSMUST00000090554 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Sall3-201ENSMUST00000057950 6886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Usp33-201ENSMUST00000026507 4153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pex3-202ENSMUST00000105539 1961 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Zfp90-201ENSMUST00000034382 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Slc29a1-203ENSMUST00000097317 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm26546-201ENSMUST00000181000 4276 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Fam110a-202ENSMUST00000109863 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Atp6v0e-201ENSMUST00000015719 794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 A930009A15Rik-201ENSMUST00000173620 1001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm27682-201ENSMUST00000183930 110 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Neurl3-202ENSMUST00000188666 1206 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Atpif1-201ENSMUST00000067496 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Col22a1-202ENSMUST00000159993 8809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pitpnm2-205ENSMUST00000161273 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Mtif3-202ENSMUST00000066675 4927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Atp5f1-201ENSMUST00000118209 1604 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Mis12-201ENSMUST00000048807 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ppig-201ENSMUST00000040915 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ptpn11-202ENSMUST00000100770 5599 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Syvn1-203ENSMUST00000134667 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Kcna1-202ENSMUST00000203094 3150 ntAPPRIS P1 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tomm6os-201ENSMUST00000155812 2944 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Adarb1-201ENSMUST00000020496 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Zfp384-202ENSMUST00000054553 2451 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ltv1-201ENSMUST00000019950 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pik3cd-204ENSMUST00000105690 4921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Art3-204ENSMUST00000119587 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Dhrs3-207ENSMUST00000171001 1349 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Dst-213ENSMUST00000183302 8788 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Sectm1a-204ENSMUST00000106120 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm15371-201ENSMUST00000117057 784 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm12997-201ENSMUST00000120207 640 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 4933406I18Rik-201ENSMUST00000124673 905 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pelp1-202ENSMUST00000135148 562 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ssr4-208ENSMUST00000166518 800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tmem255b-202ENSMUST00000167505 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Creb3-206ENSMUST00000167751 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tmcc1-205ENSMUST00000173031 1024 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Aif1-206ENSMUST00000173324 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Proscos-202ENSMUST00000178990 666 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm26894-201ENSMUST00000180828 1134 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Anapc16-202ENSMUST00000182116 581 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm7895-201ENSMUST00000187459 1173 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm38000-201ENSMUST00000192390 1215 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm42627-201ENSMUST00000197347 224 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ins2-209ENSMUST00000210288 918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Msra-205ENSMUST00000210428 1180 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 1700127F24Rik-201ENSMUST00000221685 604 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 St13-201ENSMUST00000023039 1089 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Atp5h-202ENSMUST00000073791 659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cma2-201ENSMUST00000089555 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Mllt10-203ENSMUST00000114671 5063 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Sema4b-204ENSMUST00000205822 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Mbtd1-202ENSMUST00000063718 3785 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Olfr607-202ENSMUST00000214347 5706 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cyfip1-201ENSMUST00000032629 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Lrrc10-201ENSMUST00000073834 1428 ntAPPRIS P1 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm45779-201ENSMUST00000212189 4064 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Csad-201ENSMUST00000023805 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Galnt14-201ENSMUST00000024858 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Scyl1-201ENSMUST00000025890 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cecr2-202ENSMUST00000112686 9212 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Slc52a3-203ENSMUST00000109859 2204 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ilvbl-209ENSMUST00000218885 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tmem8b-202ENSMUST00000107865 4775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tlr2-201ENSMUST00000029623 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cbfa2t3-201ENSMUST00000006525 3161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 4930513N10Rik-203ENSMUST00000145562 2803 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Fam46a-201ENSMUST00000034802 5479 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Cyp1b1-201ENSMUST00000024894 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Ssh1-204ENSMUST00000159592 8436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Aff4-201ENSMUST00000060945 10099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Edem3-204ENSMUST00000191070 3127 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Papd7-204ENSMUST00000223344 2118 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Lrp11-201ENSMUST00000019931 3386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Atp2a3-202ENSMUST00000108484 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Tpm1-209ENSMUST00000113690 2890 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Pias2-201ENSMUST00000114776 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Col8a1Q00780 Lmntd2-202ENSMUST00000170841 2077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.5 ms