Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC36.05■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC36.04■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC36.02■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC36.01■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Serp2-204ENSMUST00000228055 705 ntBASIC36.01■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC35.97■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC35.96■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
Ccdc88bQ4QRL3 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC35.95■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.93■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC35.89■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC35.89■■■■□ 3.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC35.86■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.2 ms