Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 B3gnt3-201ENSMUST00000034260 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm9917-201ENSMUST00000180865 5192 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Crybb2-202ENSMUST00000112336 906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm26464-201ENSMUST00000157094 305 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm27892-201ENSMUST00000185017 106 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Ngf-201ENSMUST00000035952 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Dpm3-201ENSMUST00000040824 404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm5356-201ENSMUST00000093326 615 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Mpzl2-201ENSMUST00000034600 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Tjap1-211ENSMUST00000225080 2412 ntAPPRIS P2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Mfsd1-201ENSMUST00000029344 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Syt6-203ENSMUST00000118117 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Sugp2-214ENSMUST00000164403 4099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Ankrd6-202ENSMUST00000084748 4354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 C130012C08Rik-201ENSMUST00000194287 3665 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Gm11978-202ENSMUST00000127510 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Itgav-201ENSMUST00000028499 7054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Tspan32-205ENSMUST00000105924 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Meioc-201ENSMUST00000100378 4573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Pdlim3-201ENSMUST00000034053 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Kif9-204ENSMUST00000198043 2233 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Foxj3-201ENSMUST00000044564 4789 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
Traf1P39428 Fam208b-201ENSMUST00000096069 8338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm37411-201ENSMUST00000194180 2282 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Stx5a-202ENSMUST00000073430 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Phka2-202ENSMUST00000112376 2310 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Hjurp-206ENSMUST00000147393 2030 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Ptprs-202ENSMUST00000086828 5608 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Tnfrsf11a-201ENSMUST00000027559 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Clec4g-201ENSMUST00000058040 1441 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Tmub2-205ENSMUST00000156326 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm12485-201ENSMUST00000119641 291 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Mir1894-201ENSMUST00000122802 81 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Haglr-202ENSMUST00000152462 443 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm8584-201ENSMUST00000171982 758 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm26830-201ENSMUST00000180389 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Txn1-201ENSMUST00000030051 1051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Nanos3-201ENSMUST00000070102 730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Mzf1-204ENSMUST00000182490 2872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Erc1-207ENSMUST00000183911 3865 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Cage1-202ENSMUST00000089840 3449 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Spock2-201ENSMUST00000121820 5238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Chst4-202ENSMUST00000211894 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Klhdc3-201ENSMUST00000071841 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Heatr3-201ENSMUST00000034079 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Knop1-203ENSMUST00000106549 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Rnf34-201ENSMUST00000031434 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Bbs5-201ENSMUST00000074963 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Tcf25-208ENSMUST00000212571 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Trappc9-203ENSMUST00000168191 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Dnajb1-201ENSMUST00000005620 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Arhgef25-202ENSMUST00000167353 2189 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Sgce-203ENSMUST00000101677 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Fbxo41-202ENSMUST00000161078 6562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Mettl3-201ENSMUST00000022767 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Map7d1-201ENSMUST00000061143 3351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Casp7-201ENSMUST00000026062 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Fam76a-201ENSMUST00000030696 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gna13-201ENSMUST00000020930 6160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Cgn-201ENSMUST00000107272 4963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Nrap-201ENSMUST00000040711 5334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Degs2-202ENSMUST00000167978 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Ap2a1-202ENSMUST00000107857 3301 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 AC168058.1-201ENSMUST00000219521 2282 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Mindy3-201ENSMUST00000028105 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Stk16-201ENSMUST00000027401 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Slc8a3-203ENSMUST00000182208 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Kctd18-202ENSMUST00000114410 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Arid3a-202ENSMUST00000105376 4892 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Defb30-203ENSMUST00000111208 503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Defb30-204ENSMUST00000111209 721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Rpsa-ps9-201ENSMUST00000120702 885 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Pmepa1os-201ENSMUST00000150185 680 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm26894-201ENSMUST00000180828 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Tnfrsf19-205ENSMUST00000225730 744 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Car5a-201ENSMUST00000057653 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 P4ha1-202ENSMUST00000092512 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Sgsm1-201ENSMUST00000048112 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Clcnkb-202ENSMUST00000105788 2490 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Slc4a1ap-213ENSMUST00000202950 2499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Alkbh4-202ENSMUST00000100568 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Shmt1-201ENSMUST00000018744 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Sh2b1-204ENSMUST00000205497 2854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Trim15-203ENSMUST00000174195 1778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm26788-201ENSMUST00000181692 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Col7a1-202ENSMUST00000112070 9250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Atp13a3-202ENSMUST00000100013 7310 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Tmem19-203ENSMUST00000217884 2799 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 2810402E24Rik-201ENSMUST00000190699 3040 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Nup62-203ENSMUST00000207103 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gnb5-202ENSMUST00000213990 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Fhl2-202ENSMUST00000185893 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Erp29-203ENSMUST00000130451 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Pisd-ps1-201ENSMUST00000119128 1115 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm12416-201ENSMUST00000120911 1008 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Chchd7-207ENSMUST00000121210 548 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Traf1P39428 Gm15821-201ENSMUST00000121995 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms