Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 E130218I03Rik-206ENSMUST00000135228 544 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Pcp2-204ENSMUST00000136105 504 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 E130218I03Rik-207ENSMUST00000143448 591 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rpph1-201ENSMUST00000175096 319 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ccnd3-208ENSMUST00000182539 931 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm29909-201ENSMUST00000214500 922 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cox7a2l-201ENSMUST00000025095 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Olfr520-201ENSMUST00000098264 951 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r16b-201ENSMUST00000045503 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 9330182L06Rik-202ENSMUST00000115348 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Emp1-206ENSMUST00000205156 2911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm17018-201ENSMUST00000047057 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Nacc1-201ENSMUST00000001975 4300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm37644-201ENSMUST00000192190 2270 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rph3a-203ENSMUST00000202326 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Fam46a-201ENSMUST00000034802 5479 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cacng3-201ENSMUST00000084615 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm42872-201ENSMUST00000200026 1967 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 4930430F08Rik-201ENSMUST00000054471 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Celf5-201ENSMUST00000118763 4391 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 2610011E03Rik-201ENSMUST00000200128 2235 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Shc1-203ENSMUST00000107417 3079 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Bmp3-202ENSMUST00000197143 2739 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Prmt7-203ENSMUST00000109297 1094 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Fam241b-208ENSMUST00000142796 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm27244-201ENSMUST00000184260 380 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Paupar-201ENSMUST00000194826 3482 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Bap1-201ENSMUST00000022458 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm14451-201ENSMUST00000121581 1542 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Krt42-201ENSMUST00000017270 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Klhl8-203ENSMUST00000112815 2898 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rims1-205ENSMUST00000097811 6446 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 B130055M24Rik-201ENSMUST00000144796 1778 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rap1gap2-202ENSMUST00000102521 6565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Pou2f2-203ENSMUST00000108415 7095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Edrf1-202ENSMUST00000128901 4380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Tmem8b-202ENSMUST00000107865 4775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Nol4-208ENSMUST00000164893 2175 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Xrcc1-201ENSMUST00000063249 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Pkp3-202ENSMUST00000106039 2919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cacna1b-203ENSMUST00000100348 7182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 4930429P21Rik-202ENSMUST00000194547 2061 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Dpp6-204ENSMUST00000122171 4720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cdk8-205ENSMUST00000161181 2467 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Elmo3-202ENSMUST00000212033 2351 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Inpp4a-209ENSMUST00000140264 3676 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cacna2d1-202ENSMUST00000078272 7311 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Sfswap-201ENSMUST00000053737 3313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Ddx28Q9CWT6 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm44981-201ENSMUST00000205549 1943 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Apaf1-207ENSMUST00000161987 2710 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ncald-211ENSMUST00000168992 3538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Sema6c-201ENSMUST00000090821 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 2310035C23Rik-201ENSMUST00000039173 4328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rnf14-202ENSMUST00000170811 2886 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cnbp-202ENSMUST00000113617 952 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Sfxn5-203ENSMUST00000113787 638 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Cby3-202ENSMUST00000164067 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Ddx28Q9CWT6 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Tspo-201ENSMUST00000047419 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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Ddx28Q9CWT6 Cep85-201ENSMUST00000040271 3893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm18244-201ENSMUST00000219747 1566 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ppt2-209ENSMUST00000171121 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Pcsk6-202ENSMUST00000098391 4207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ush1c-207ENSMUST00000176371 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Mta2-201ENSMUST00000096240 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm16976-201ENSMUST00000099718 1894 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rcor2-202ENSMUST00000113369 2013 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 2410002F23Rik-218ENSMUST00000188382 2301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Timp3-201ENSMUST00000020234 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Iqce-202ENSMUST00000077890 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Foxred2-202ENSMUST00000117725 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 AC126250.1-201ENSMUST00000228343 1768 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Slfnl1-201ENSMUST00000062990 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Pcdhgc3-201ENSMUST00000076807 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Osbp2-202ENSMUST00000101632 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 2900026A02Rik-201ENSMUST00000050125 5876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Rnase10-202ENSMUST00000164632 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 4921513I03Rik-201ENSMUST00000056994 1534 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Gm21983-201ENSMUST00000154724 1690 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ap2a1-203ENSMUST00000166972 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Tsc22d4-203ENSMUST00000100540 2730 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Slc8b1-204ENSMUST00000111890 2775 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ciz1-202ENSMUST00000113331 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Izumo1r-203ENSMUST00000117620 1095 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Ddx28Q9CWT6 Ccnh-202ENSMUST00000163600 1055 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.6 ms