Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.32■■■■□ 3.41
Ccdc88bQ4QRL3 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC36.3■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC36.29■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC36.27■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
Ccdc88bQ4QRL3 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl24-201ENSMUST00000058747 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC36.2■■■■□ 3.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC36.17■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Ccdc88bQ4QRL3 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC36.11■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
Ccdc88bQ4QRL3 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC36.06■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.6 ms