Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm17455-201ENSMUST00000164428 855 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm2445-201ENSMUST00000182798 989 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Zfp467-205ENSMUST00000114560 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 2900005J15Rik-202ENSMUST00000171190 2025 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Duxf3-202ENSMUST00000176875 2025 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 C130080G10Rik-203ENSMUST00000154140 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Tmem220-201ENSMUST00000061786 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Edil3-203ENSMUST00000118731 2721 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ctps-201ENSMUST00000030381 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Tom1-202ENSMUST00000165630 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Opn4-201ENSMUST00000022331 2156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Shmt1-201ENSMUST00000018744 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Nt5c3b-205ENSMUST00000107399 1427 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Hcrtr1-202ENSMUST00000119423 2439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Pld5-202ENSMUST00000111166 1370 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Krt36-201ENSMUST00000107416 1671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Zdhhc19-201ENSMUST00000064192 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Magi1-202ENSMUST00000089317 7209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 4732463B04Rik-201ENSMUST00000180751 2932 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Troap-201ENSMUST00000039665 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Asb18-201ENSMUST00000086882 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm6415-201ENSMUST00000118488 348 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Hpca-207ENSMUST00000139450 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm7774-201ENSMUST00000200064 533 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm18027-201ENSMUST00000218947 619 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Vegfa-202ENSMUST00000071648 3451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Nr4a2-203ENSMUST00000112629 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Zfyve19-202ENSMUST00000102519 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ssh3-202ENSMUST00000113852 2735 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ssh3-201ENSMUST00000037992 2728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Syngap1-202ENSMUST00000177932 3927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gcat-201ENSMUST00000006544 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gng4-201ENSMUST00000021734 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Sesn3-207ENSMUST00000209187 1700 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mcmbp-201ENSMUST00000057557 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 B230319C09Rik-201ENSMUST00000063376 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Clip2-201ENSMUST00000036999 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Camk2b-203ENSMUST00000066431 1603 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 E230013L22Rik-201ENSMUST00000180408 1856 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Crhr2-201ENSMUST00000003568 2695 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Pgm2-201ENSMUST00000058351 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Fmnl2-205ENSMUST00000155586 3939 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Doc2b-201ENSMUST00000021209 4361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Dhx9-201ENSMUST00000042141 4616 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Pgr-201ENSMUST00000070463 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Pgr-202ENSMUST00000098986 3068 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gdap1l1-203ENSMUST00000109421 1206 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Crybb3-204ENSMUST00000119627 828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm12786-201ENSMUST00000129617 644 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm8396-201ENSMUST00000057361 823 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Rufy3-203ENSMUST00000196894 3703 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm2420-202ENSMUST00000202224 2249 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gna13-201ENSMUST00000020930 6160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ebf4-201ENSMUST00000110286 2670 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Erbb2-201ENSMUST00000058295 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mpp4-201ENSMUST00000066374 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mpp4-202ENSMUST00000078874 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm28539-201ENSMUST00000190050 2982 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ccdc155-201ENSMUST00000121017 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Fhad1-202ENSMUST00000105779 4263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Arf2-201ENSMUST00000057921 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ap2a1-202ENSMUST00000107857 3301 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Nt5c3b-202ENSMUST00000092689 1344 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Zfp296-201ENSMUST00000108453 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mtrr-209ENSMUST00000223398 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Snhg17-201ENSMUST00000133449 933 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Platr13-201ENSMUST00000133945 375 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 1810032O08Rik-206ENSMUST00000144049 966 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm7030-203ENSMUST00000173322 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm37714-201ENSMUST00000194742 342 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm6916-202ENSMUST00000205523 195 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Rps27l-201ENSMUST00000040917 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm7030-201ENSMUST00000046131 913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 2610318N02Rik-201ENSMUST00000093336 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Srp68-202ENSMUST00000106425 2330 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Acrbp-205ENSMUST00000112414 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Tyw1-203ENSMUST00000100662 1867 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mocs2-208ENSMUST00000166176 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Plxnc1-201ENSMUST00000099337 7302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gpr137b-202ENSMUST00000220628 3634 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Samd4b-204ENSMUST00000208199 4391 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Gm11405-201ENSMUST00000118689 1556 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Zbtb45-202ENSMUST00000172240 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Hnrnpa1-201ENSMUST00000036004 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Sall2-202ENSMUST00000135523 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Trim58Q5NCC9 Mthfsd-202ENSMUST00000116415 1520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.9 ms