Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

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Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm28308-201ENSMUST00000128102 752 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Timm9-202ENSMUST00000166120 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Timm9-207ENSMUST00000221559 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Timm9-209ENSMUST00000221815 1193 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 AC154572.2-201ENSMUST00000225105 997 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Pprc1-202ENSMUST00000099392 3956 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm12500-202ENSMUST00000186471 2428 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Ccdc90b-201ENSMUST00000032842 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Mettl14-201ENSMUST00000029759 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm6159-201ENSMUST00000191249 1724 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Cox16-201ENSMUST00000002757 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Fbxo41-201ENSMUST00000159062 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Cnot7-201ENSMUST00000034012 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Adat1-203ENSMUST00000139820 2762 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 D230025D16Rik-201ENSMUST00000034361 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Madd-201ENSMUST00000066420 3753 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Vav1-203ENSMUST00000112870 2743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Pja1-202ENSMUST00000113790 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Zbtb46-201ENSMUST00000029106 5309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Smc6-208ENSMUST00000218866 3373 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Fam122b-203ENSMUST00000114841 3074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Camk2b-208ENSMUST00000109812 1875 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 1600002D24Rik-202ENSMUST00000136744 1854 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Egr2-203ENSMUST00000127820 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Acot6-202ENSMUST00000222921 3622 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Nfya-206ENSMUST00000160319 1407 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Cystm1-205ENSMUST00000152804 445 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 4930556N13Rik-201ENSMUST00000173677 1034 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 1600014C10Rik-207ENSMUST00000179503 784 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm44662-201ENSMUST00000206970 412 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 AC155714.1-201ENSMUST00000214033 956 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
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Usp4P35123 Gpr108-201ENSMUST00000005975 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Vwc2-202ENSMUST00000109681 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Arhgef40-201ENSMUST00000093813 5621 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm13003-201ENSMUST00000151040 2904 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Ylpm1-207ENSMUST00000168977 4893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Spata5-209ENSMUST00000198968 2916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Muc20-201ENSMUST00000041123 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Kpnb1-201ENSMUST00000001479 5894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 P3h2-201ENSMUST00000039990 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Eif4g1-204ENSMUST00000115460 5638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Men1-208ENSMUST00000113504 2663 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Tspan12-202ENSMUST00000120965 2157 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Sall4-202ENSMUST00000075044 2534 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 AW209491-202ENSMUST00000178289 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Acin1-201ENSMUST00000022793 4735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Suv39h1-201ENSMUST00000115636 2707 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Tbc1d4-210ENSMUST00000162617 4762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm9947-201ENSMUST00000067599 2920 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Pear1-205ENSMUST00000172621 4490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Hsd3b7-203ENSMUST00000106272 1725 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Hspb7-201ENSMUST00000102486 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gnpda2-202ENSMUST00000120789 1594 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Pnpla2-203ENSMUST00000164016 2625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Slc25a47-201ENSMUST00000057026 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Lin54-208ENSMUST00000149714 3869 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 E430024P14Rik-203ENSMUST00000160545 2833 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Ddhd1-202ENSMUST00000087320 9820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Sirt4-202ENSMUST00000112067 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Kmt5c-203ENSMUST00000108583 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Clstn2-202ENSMUST00000162295 4174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Arfip2-206ENSMUST00000131446 3275 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Zfp688-201ENSMUST00000106300 1015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gemin7-204ENSMUST00000122055 609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
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Usp4P35123 Avpi1-201ENSMUST00000018965 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
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Usp4P35123 AC102291.3-201ENSMUST00000226566 405 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Tspo-201ENSMUST00000047419 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Sesn3-201ENSMUST00000034507 1827 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Desi1-206ENSMUST00000152227 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Il17re-202ENSMUST00000058548 2940 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gpr160-207ENSMUST00000166278 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm15889-202ENSMUST00000212669 2443 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Nyap1-201ENSMUST00000061789 3912 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Eif4g3-215ENSMUST00000203828 5289 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Hist1h2be-202ENSMUST00000091704 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Rgs16-201ENSMUST00000027748 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Crem-201ENSMUST00000025069 2931 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gucd1-201ENSMUST00000039796 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Zpbp2-204ENSMUST00000107511 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Ddx42-201ENSMUST00000021046 4011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Lrfn2-201ENSMUST00000046254 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Ppp1r8-201ENSMUST00000030702 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Akt2-ps-201ENSMUST00000120718 1449 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Mfsd6-201ENSMUST00000087701 3493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 B3gnt3-201ENSMUST00000034260 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Adal-205ENSMUST00000119031 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gnas-210ENSMUST00000109095 2059 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Sall2-202ENSMUST00000135523 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Abi2-206ENSMUST00000188594 1658 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Elk3-201ENSMUST00000008542 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Gm45799-202ENSMUST00000106786 409 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
Usp4P35123 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.4 ms