Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Htatip2-201ENSMUST00000085272 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Cd164l2-201ENSMUST00000105910 986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Zfp74-203ENSMUST00000108211 1278 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gm2272-201ENSMUST00000194903 582 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Fam26f-201ENSMUST00000062784 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Thap2-202ENSMUST00000218842 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Alox12b-201ENSMUST00000036424 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Spatc1-201ENSMUST00000074173 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Ip6k1-201ENSMUST00000035214 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Zfp467-205ENSMUST00000114560 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Rcn3-201ENSMUST00000019683 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Rcn3-208ENSMUST00000211352 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gm3373-202ENSMUST00000177556 1955 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gm3500-201ENSMUST00000177986 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gm28182-201ENSMUST00000188354 2477 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Plekhg2-203ENSMUST00000121085 4649 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Egr1-201ENSMUST00000064795 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Unc119b-201ENSMUST00000060798 3659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Lin54-208ENSMUST00000149714 3869 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Cenpo-201ENSMUST00000020981 2037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Arhgef1-202ENSMUST00000098683 3375 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Gars-201ENSMUST00000003572 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Cldn11-201ENSMUST00000046174 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Egr3-204ENSMUST00000225200 3940 ntAPPRIS P2 BASIC13.33□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
Ddx28Q9CWT6 Laptm5-207ENSMUST00000151698 2600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Nat8f6-202ENSMUST00000174143 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Kat8-201ENSMUST00000033070 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Kcnn2-205ENSMUST00000183850 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Atp8a1-201ENSMUST00000037380 8178 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Ncan-201ENSMUST00000002412 7195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Nek1-201ENSMUST00000034065 5401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Sp2-203ENSMUST00000107624 3055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm21586-201ENSMUST00000107988 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm21953-201ENSMUST00000108002 264 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Josd2-202ENSMUST00000117324 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Pcp2-205ENSMUST00000142431 524 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Caly-202ENSMUST00000166758 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm20878-208ENSMUST00000181518 264 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Nup88-202ENSMUST00000108530 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Tmem30a-201ENSMUST00000034878 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 B3gnt7-201ENSMUST00000113306 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Dmkn-204ENSMUST00000085691 2007 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Poli-202ENSMUST00000121674 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Hk1-202ENSMUST00000099691 4278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 AU040320-202ENSMUST00000102607 4191 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Olfm1-202ENSMUST00000100244 2686 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Lamc2-201ENSMUST00000027753 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Unc5d-201ENSMUST00000168630 9220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Slc16a13-201ENSMUST00000060010 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Pctp-201ENSMUST00000020864 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Cbln4-201ENSMUST00000087950 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Itfg1-201ENSMUST00000034140 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Rnf168-201ENSMUST00000014218 3932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Kif3c-205ENSMUST00000220210 4144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Syne4-201ENSMUST00000054594 1355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Mcur1-201ENSMUST00000021800 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 4930402H24Rik-202ENSMUST00000110243 1984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Zbtb49-202ENSMUST00000114113 2645 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Syndig1-201ENSMUST00000109934 2081 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Chaf1b-202ENSMUST00000117099 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Megf6-201ENSMUST00000030897 6851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Slc4a2-201ENSMUST00000080067 4179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Polg-201ENSMUST00000073889 7837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Nosip-202ENSMUST00000107829 972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 4930481A15Rik-201ENSMUST00000128542 2106 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Hsf4-203ENSMUST00000172525 1276 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm15406-202ENSMUST00000202229 767 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Neurl2-201ENSMUST00000042775 1014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Cacna1g-202ENSMUST00000100561 8125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Pomgnt1-202ENSMUST00000106496 2613 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm29724-201ENSMUST00000214688 3062 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Gm13288-201ENSMUST00000094977 2850 ntAPPRIS P1 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Syde2-203ENSMUST00000200546 4712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Dgcr8-202ENSMUST00000115633 4522 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Dffa-202ENSMUST00000103216 1835 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Nfatc2-202ENSMUST00000074618 6637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Sim2-201ENSMUST00000072182 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Tbk1-201ENSMUST00000020316 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Osbpl10-201ENSMUST00000046627 1872 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Ddx28Q9CWT6 Abr-205ENSMUST00000108408 3534 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 78.3 ms