Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Ilvbl-209ENSMUST00000218885 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Cfap157-201ENSMUST00000102813 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Eif4g1-203ENSMUST00000115457 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Rgs6-204ENSMUST00000185674 1362 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Trmt6-201ENSMUST00000039554 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ruvbl2-205ENSMUST00000211214 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Hdac2-202ENSMUST00000105510 3250 ntTSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Racgap1-201ENSMUST00000023756 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ano8-201ENSMUST00000093450 3653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm11661-201ENSMUST00000121761 1327 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Slc25a34-201ENSMUST00000038661 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Timm10b-202ENSMUST00000106780 671 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Dlk1-202ENSMUST00000109841 879 ntTSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Fuom-203ENSMUST00000121115 872 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 4933427G23Rik-202ENSMUST00000126393 544 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm42420-201ENSMUST00000126621 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Snhg20-201ENSMUST00000145438 459 ntTSL 3 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Cox6b2-204ENSMUST00000182173 391 ntTSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm29649-201ENSMUST00000185649 419 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm42906-201ENSMUST00000202365 408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm9299-201ENSMUST00000206392 1140 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 2810047C21Rik1-202ENSMUST00000210322 1179 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 AC192088.1-201ENSMUST00000227561 301 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Alkbh3-201ENSMUST00000040005 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 4921530L21Rik-201ENSMUST00000045892 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Arl5b-202ENSMUST00000069870 6981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 AL645783.1-201ENSMUST00000221416 1832 ntBASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm10564-201ENSMUST00000097750 3113 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Rnaseh2a-210ENSMUST00000147812 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 E2f3-203ENSMUST00000221536 4597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 E2f3-204ENSMUST00000222730 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Syt6-201ENSMUST00000090697 4416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Rprd1a-201ENSMUST00000046206 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Car7-202ENSMUST00000159416 1943 ntTSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Map3k3-201ENSMUST00000002044 3450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Aire-216ENSMUST00000156417 1627 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Slc4a4-207ENSMUST00000148750 7931 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm8775-201ENSMUST00000170943 1327 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Hp-201ENSMUST00000074898 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Nt5c3b-202ENSMUST00000092689 1344 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Spo11-201ENSMUST00000050442 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tbx6-201ENSMUST00000094037 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Wdr73-201ENSMUST00000026816 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ugcg-201ENSMUST00000030074 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm17619-201ENSMUST00000180625 1449 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
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Usf1Q61069 Txnl4b-202ENSMUST00000178445 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
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Usf1Q61069 Sgce-205ENSMUST00000115579 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
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Usf1Q61069 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Agap1-201ENSMUST00000027521 11921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Usp43-201ENSMUST00000021288 4462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm29358-201ENSMUST00000186510 1734 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tex44-201ENSMUST00000046004 1724 ntAPPRIS P1 BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Ccnt2-202ENSMUST00000112570 4511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Acsl3-201ENSMUST00000035779 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Cep295nl-201ENSMUST00000103024 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Pdlim7-201ENSMUST00000046246 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Fam83h-202ENSMUST00000170153 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tgfa-201ENSMUST00000032066 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Dera-207ENSMUST00000203693 1446 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Zgpat-201ENSMUST00000029105 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm27528-202ENSMUST00000222916 2012 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Syncrip-209ENSMUST00000174361 1767 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Sumo3-201ENSMUST00000020501 2630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Lrrc56-203ENSMUST00000084446 2390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Dsel-201ENSMUST00000035462 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Rab1a-202ENSMUST00000109601 1200 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 4933427I22Rik-201ENSMUST00000138672 393 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm13112-201ENSMUST00000138795 1258 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
Usf1Q61069 Gm16136-203ENSMUST00000162520 1121 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.5 ms