Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Rnf40Q3U319 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Rnf40Q3U319 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Mras-201ENSMUST00000035045 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Rnf40Q3U319 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 80.9 ms