Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
Col17a1Q07563 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC35.57■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC35.57■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC35.55■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col17a1Q07563 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Col17a1Q07563 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC35.43■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Gm5602-201ENSMUST00000146366 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC35.41■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
Col17a1Q07563 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col17a1Q07563 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 96.7 ms