Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Smg5-201ENSMUST00000001451 4448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Cacnb2-202ENSMUST00000114719 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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Rnf40Q3U319 Acin1-224ENSMUST00000167015 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Lpar2-202ENSMUST00000164890 5800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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Rnf40Q3U319 Notch1-201ENSMUST00000028288 9488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
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Rnf40Q3U319 Hif1a-201ENSMUST00000021530 4724 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
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Rnf40Q3U319 Stag1-206ENSMUST00000129269 6186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
Rnf40Q3U319 Ggh-201ENSMUST00000098242 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
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Rnf40Q3U319 Gm40645-202ENSMUST00000219828 874 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Bcl11b-201ENSMUST00000066060 8111 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Eps8l1-214ENSMUST00000171445 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Gm13848-201ENSMUST00000130777 2047 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Pgap2-225ENSMUST00000156529 2034 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Tcf4-210ENSMUST00000128706 2066 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Gm15889-202ENSMUST00000212669 2443 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 C5ar1-201ENSMUST00000050770 2481 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Mrpl58-209ENSMUST00000153983 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Gtf2i-206ENSMUST00000172715 4114 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Specc1-202ENSMUST00000092415 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Rab3d-201ENSMUST00000115351 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Rnf40Q3U319 Slc7a15-201ENSMUST00000036938 1907 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
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