Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Fam208b-201ENSMUST00000096069 8338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Tnfrsf13b-202ENSMUST00000101103 750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Bola3-202ENSMUST00000120040 583 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm7774-201ENSMUST00000200064 533 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Cd3g-201ENSMUST00000002101 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Krtap9-3-201ENSMUST00000062683 759 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rragb-201ENSMUST00000039720 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 2410002F23Rik-218ENSMUST00000188382 2301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Prkcz-201ENSMUST00000030922 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rgs3-204ENSMUST00000107420 2752 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Arpc4-203ENSMUST00000203578 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Alox5-201ENSMUST00000026795 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rbm26-201ENSMUST00000022715 3633 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Etl4-207ENSMUST00000114610 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Map2k7-211ENSMUST00000145165 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Pld5-202ENSMUST00000111166 1370 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Ddhd1-202ENSMUST00000087320 9820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Slc35a2-202ENSMUST00000115660 3094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Cbs-201ENSMUST00000067801 2497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rasal3-204ENSMUST00000135618 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Adgrg5-205ENSMUST00000166802 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Insr-201ENSMUST00000091291 9355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Vav1-201ENSMUST00000005889 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Srrm3-204ENSMUST00000144211 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Msx3-201ENSMUST00000055353 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rnf150-201ENSMUST00000078525 9682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sept1-201ENSMUST00000106313 1285 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Tmsb10-203ENSMUST00000114050 570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Hpca-207ENSMUST00000139450 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm13883-202ENSMUST00000151310 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Elof1-203ENSMUST00000213233 810 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Il31-201ENSMUST00000031389 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rfx5-203ENSMUST00000107254 4450 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Ccdc157-202ENSMUST00000101626 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Itga8-201ENSMUST00000028106 5812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 D130052B06Rik-201ENSMUST00000101371 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm3002-201ENSMUST00000170480 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm3005-202ENSMUST00000178728 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sorbs3-204ENSMUST00000227929 2460 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Nupr1l-201ENSMUST00000178355 1827 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Lrch4-202ENSMUST00000175968 2036 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Atp13a3-202ENSMUST00000100013 7310 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Slc52a3-203ENSMUST00000109859 2204 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Mybl1-201ENSMUST00000088658 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sirt5-211ENSMUST00000223194 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Dlk1-205ENSMUST00000109844 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Piezo1-209ENSMUST00000156333 8219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Krt20-201ENSMUST00000017743 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Piezo1-201ENSMUST00000067252 8216 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Pxn-213ENSMUST00000202564 2126 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Acot6-201ENSMUST00000056822 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Elfn2-201ENSMUST00000088592 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Pex3-202ENSMUST00000105539 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sf1-204ENSMUST00000113489 2863 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rgs3-201ENSMUST00000065870 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 2810006K23Rik-202ENSMUST00000111477 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm44081-201ENSMUST00000204406 643 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 AC123645.1-201ENSMUST00000228469 605 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Smim4-202ENSMUST00000064032 791 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Doc2b-201ENSMUST00000021209 4361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rapgef6-205ENSMUST00000108895 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Csnk1g2-202ENSMUST00000085435 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Myrf-201ENSMUST00000088013 5674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sergef-201ENSMUST00000033127 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Hmga2-201ENSMUST00000072777 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Dnaja3-201ENSMUST00000060067 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 4933434E20Rik-204ENSMUST00000159064 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Arxes2-201ENSMUST00000058119 1532 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Foxj3-201ENSMUST00000044564 4789 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Wdr70-201ENSMUST00000045766 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Myo1c-204ENSMUST00000108431 4718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Sf3a1-201ENSMUST00000002198 4920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Npnt-204ENSMUST00000117164 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Anks1b-213ENSMUST00000182284 2607 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Prss44-201ENSMUST00000098345 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Ncbp2-201ENSMUST00000023460 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Entpd5-204ENSMUST00000117286 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Phtf2-201ENSMUST00000118174 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Kcnq2-220ENSMUST00000197015 8031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Ptprv-210ENSMUST00000183317 6108 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Nacad-201ENSMUST00000045713 4892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 Ssty1-201ENSMUST00000180056 699 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Upf3bQ3ULL6 1190007I07Rik-204ENSMUST00000183416 637 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.9 ms