Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm17619-201ENSMUST00000180625 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Acp6-201ENSMUST00000090759 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 A330035P11Rik-202ENSMUST00000144926 3074 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Dtd2-201ENSMUST00000021339 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Palb2-201ENSMUST00000063587 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Fbxl19-201ENSMUST00000033081 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Sik1-201ENSMUST00000024839 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Arfrp1-202ENSMUST00000108808 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Pex11g-202ENSMUST00000111081 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 1700042O10Rik-201ENSMUST00000151032 1075 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm10275-202ENSMUST00000168697 495 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Prr29-203ENSMUST00000185986 983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ociad1-210ENSMUST00000202250 800 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm7730-201ENSMUST00000212486 454 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm26953-206ENSMUST00000212840 619 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 AC149588.3-201ENSMUST00000227515 150 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm10275-201ENSMUST00000092620 635 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Zufsp-205ENSMUST00000218880 2005 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Hist1h2be-202ENSMUST00000091704 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ptp4a3-201ENSMUST00000053232 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Orai3-203ENSMUST00000121504 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Atg9a-208ENSMUST00000189702 4110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Nrxn1-209ENSMUST00000161402 4953 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 9330121J05Rik-201ENSMUST00000192267 3009 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Dap3-207ENSMUST00000173135 1409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ccer1-201ENSMUST00000060703 1865 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gemin5-202ENSMUST00000102711 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Nek1-202ENSMUST00000120689 5478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 F2-201ENSMUST00000028681 1988 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Lman2l-204ENSMUST00000125304 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Cdca5-201ENSMUST00000025704 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ush1c-202ENSMUST00000078680 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Slc22a15-207ENSMUST00000190824 3010 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Asb2-201ENSMUST00000021617 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Tex44-201ENSMUST00000046004 1724 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Mapk8ip1-202ENSMUST00000111279 3274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rgs19-203ENSMUST00000108771 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rgs19-205ENSMUST00000108776 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Hist1h2br-202ENSMUST00000110476 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm23547-201ENSMUST00000158210 271 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Baiap2l2-205ENSMUST00000170955 1058 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Kansl3-206ENSMUST00000187628 336 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 AC238811.1-201ENSMUST00000225302 441 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ndufc2-201ENSMUST00000032882 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Hist1h2bq-201ENSMUST00000078156 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Nyap1-204ENSMUST00000212152 2499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rnaseh2a-203ENSMUST00000109738 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Lmna-203ENSMUST00000120377 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Disp2-202ENSMUST00000063975 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ank3-223ENSMUST00000182557 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Smtnl2-202ENSMUST00000108500 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Fech-201ENSMUST00000025484 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 2700080J24Rik-201ENSMUST00000205314 1662 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Neurod2-201ENSMUST00000041685 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Foxa1-201ENSMUST00000044380 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Zfp606-201ENSMUST00000098822 4748 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rimkla-201ENSMUST00000049994 4097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ciart-202ENSMUST00000159739 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm12134-201ENSMUST00000122109 520 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm15487-201ENSMUST00000122373 465 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Dynlt1b-201ENSMUST00000179569 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Mir124-2hg-206ENSMUST00000189754 525 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Sar1b-201ENSMUST00000020653 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm9229-201ENSMUST00000222777 126 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Erp29-201ENSMUST00000052590 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Hist1h3f-201ENSMUST00000075558 1261 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 2900055J20Rik-201ENSMUST00000096572 723 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rps7-ps2-201ENSMUST00000219719 1347 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Syt7-204ENSMUST00000223586 1344 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm37297-201ENSMUST00000192974 2384 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Fzd6-202ENSMUST00000179165 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Bahd1-201ENSMUST00000036578 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Chfr-207ENSMUST00000198633 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Gm45751-201ENSMUST00000210185 1573 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Rbm22-201ENSMUST00000025506 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Tom1-202ENSMUST00000165630 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Pttg1ip-201ENSMUST00000009435 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Cds1-201ENSMUST00000031273 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Spred1-201ENSMUST00000028829 6016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Ccdc88c-202ENSMUST00000085096 6313 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Cchcr1-201ENSMUST00000045956 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Dnm1-217ENSMUST00000202578 2820 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Traf1P39428 Timp2-201ENSMUST00000017610 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Traf1P39428 Lcn5-202ENSMUST00000100312 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.7 ms