Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 9230114J08Rik-201ENSMUST00000200375 350 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm36236-201ENSMUST00000220780 701 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Shd-206ENSMUST00000225145 998 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 CT025535.1-201ENSMUST00000227172 491 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 AI606473-201ENSMUST00000177201 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dusp15-203ENSMUST00000123121 2993 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Sema3b-202ENSMUST00000102529 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Tchp-201ENSMUST00000094441 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Otop3-201ENSMUST00000019006 2422 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Adk-201ENSMUST00000045376 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm8334-201ENSMUST00000112755 1662 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Syt17-204ENSMUST00000203796 2957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Galnt14-201ENSMUST00000024858 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Mfsd2a-201ENSMUST00000030408 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Wdr90-201ENSMUST00000079461 5991 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Elf3-201ENSMUST00000003135 2095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Tbc1d1-203ENSMUST00000119756 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ankrd13b-202ENSMUST00000092892 3336 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Orai3-202ENSMUST00000118865 768 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm11899-201ENSMUST00000142373 745 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm5866-201ENSMUST00000177881 973 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm7775-201ENSMUST00000218871 853 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ucn-201ENSMUST00000043475 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Mlf1-202ENSMUST00000077916 1114 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Map7d1-203ENSMUST00000122129 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Adcy3-204ENSMUST00000127756 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dgki-203ENSMUST00000101532 4596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Zfp410-201ENSMUST00000045931 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Slc25a47-201ENSMUST00000057026 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dnajc22-201ENSMUST00000061295 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Stxbp1-201ENSMUST00000050000 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ptpn6-202ENSMUST00000112484 2219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Psmd13-201ENSMUST00000026560 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Rgs14-201ENSMUST00000063771 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Fam219b-201ENSMUST00000093833 3001 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Cyp27a1-201ENSMUST00000027356 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm5320-201ENSMUST00000207163 1519 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Eif4g1-206ENSMUST00000115463 5378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Sapcd2-201ENSMUST00000028329 3121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Zbtb14-203ENSMUST00000112676 3909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Slc4a5-202ENSMUST00000113899 5039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Nme1-202ENSMUST00000107844 452 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dancr-202ENSMUST00000120364 575 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Nudcd2-203ENSMUST00000127382 727 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Vps53-204ENSMUST00000129256 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 2410080I02Rik-201ENSMUST00000142712 414 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm27631-201ENSMUST00000184163 466 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm27838-201ENSMUST00000184829 128 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 C330022C24Rik-201ENSMUST00000190581 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm45453-201ENSMUST00000211758 853 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Bccip-201ENSMUST00000033282 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Reep6-201ENSMUST00000040081 850 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Sirt3-202ENSMUST00000106048 1416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ebf4-202ENSMUST00000110287 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Aen-201ENSMUST00000107421 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Robo4-205ENSMUST00000214185 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Tmem59l-201ENSMUST00000045286 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Nsd3-204ENSMUST00000139966 5261 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Kctd14-204ENSMUST00000205577 2310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Shank3-201ENSMUST00000039074 7131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Spag1-202ENSMUST00000171205 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Neto1-201ENSMUST00000058829 3531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm3002-201ENSMUST00000170480 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm3005-202ENSMUST00000178728 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Lmf1-202ENSMUST00000116641 1858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Xrcc2-204ENSMUST00000134972 464 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Tcf19-202ENSMUST00000160885 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ppt2-202ENSMUST00000166040 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gstt1-201ENSMUST00000001713 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Atl1-201ENSMUST00000021466 5150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Cartpt-201ENSMUST00000022150 827 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Cartpt-202ENSMUST00000224142 1238 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Arhgef33-209ENSMUST00000225223 714 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 AC123645.1-201ENSMUST00000228469 605 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Csgalnact2-201ENSMUST00000049344 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Lmf1-201ENSMUST00000063344 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Ndufa8-201ENSMUST00000070112 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Zswim7-201ENSMUST00000072916 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Rec114-201ENSMUST00000098674 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Eif3f-201ENSMUST00000033342 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Gm14780-201ENSMUST00000118387 2737 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Traf1P39428 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.5 ms