Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Tmem241-202ENSMUST00000055447 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gtf2e2-201ENSMUST00000167264 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc25a47-201ENSMUST00000057026 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Acsl3-201ENSMUST00000035779 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Fbxo31-201ENSMUST00000059018 4358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Chmp4c-201ENSMUST00000029049 6188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Pitpna-203ENSMUST00000143219 3761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ralgapa2-211ENSMUST00000228797 8245 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ptprm-202ENSMUST00000223982 4802 ntAPPRIS P2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Cep63-201ENSMUST00000093791 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Bsx-201ENSMUST00000067375 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Flrt2-202ENSMUST00000110117 3223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Nek1-202ENSMUST00000120689 5478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm37230-201ENSMUST00000194491 818 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm34866-201ENSMUST00000196146 515 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm39244-202ENSMUST00000210837 1857 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ptcd2-201ENSMUST00000022153 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm16476-201ENSMUST00000221544 139 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Dnajc22-201ENSMUST00000061295 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Med14-202ENSMUST00000096495 6963 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Zfp703-202ENSMUST00000154256 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Synj2-210ENSMUST00000115791 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc4a7-201ENSMUST00000057015 8132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Trappc10-201ENSMUST00000000384 5047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Tmem269-202ENSMUST00000212054 1504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Arhgef18-201ENSMUST00000004684 5271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Kazn-201ENSMUST00000036476 3843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Lrriq4-202ENSMUST00000108267 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Mcidas-201ENSMUST00000092089 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Parm1-201ENSMUST00000040576 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Usp43-201ENSMUST00000021288 4462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Tgfbr2-202ENSMUST00000061101 8092 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Lmna-203ENSMUST00000120377 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Dusp13-202ENSMUST00000119866 1342 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Syt7-204ENSMUST00000223586 1344 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Daxx-201ENSMUST00000079421 2580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Pttg1ip-201ENSMUST00000009435 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Elk4-201ENSMUST00000027696 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc46a3-202ENSMUST00000118527 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Csrnp1-203ENSMUST00000214058 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Zfp451-201ENSMUST00000019861 3958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm4204-201ENSMUST00000110798 1231 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Vamp2-202ENSMUST00000117780 1113 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Rpl17-ps10-201ENSMUST00000119383 555 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Rpl17-ps9-201ENSMUST00000119541 555 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Rpl17-ps4-201ENSMUST00000120241 555 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm13496-201ENSMUST00000141133 1165 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Nfya-203ENSMUST00000159063 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm16215-201ENSMUST00000161990 637 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm27631-201ENSMUST00000184163 466 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm37117-201ENSMUST00000194238 589 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm46209-201ENSMUST00000217912 553 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Aip-201ENSMUST00000025767 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 H2bfm-201ENSMUST00000059808 1052 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Pdlim7-203ENSMUST00000069968 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Med8-202ENSMUST00000073881 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Cul3-201ENSMUST00000163119 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Tmc8-203ENSMUST00000117781 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Vdac3-201ENSMUST00000009036 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Prkg1-206ENSMUST00000182685 1628 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Lrp4-201ENSMUST00000028689 7926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Syt3-201ENSMUST00000118831 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Arf2-201ENSMUST00000057921 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Atp2b3-203ENSMUST00000114479 4637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Adora2a-201ENSMUST00000105420 2596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gm5934-201ENSMUST00000120734 2588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Slc46a3-201ENSMUST00000031655 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Sirt3-202ENSMUST00000106048 1416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Polr3d-202ENSMUST00000180358 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ints8-203ENSMUST00000108319 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Ppcs-202ENSMUST00000106316 954 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sf3b1Q99NB9 Gfpt1-202ENSMUST00000113655 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.8 ms