Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC36.96■■■■□ 3.51
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC36.91■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.91■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC36.91■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC36.9■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC36.88■■■■□ 3.5
Ccdc88bQ4QRL3 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC36.86■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC36.86■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC36.85■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC36.83■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC36.83■■■■□ 3.49
Ccdc88bQ4QRL3 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.8■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC36.79■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC36.79■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
Ccdc88bQ4QRL3 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
Ccdc88bQ4QRL3 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC36.68■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.67■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC36.66■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
Ccdc88bQ4QRL3 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 77.1 ms