Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Usp39Q3TIX9 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Usp39Q3TIX9 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp39Q3TIX9 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.1 ms