Protein–RNA interactions for Protein: P43488

Tnfsf4, Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4, mousemouse

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Tnfsf4P43488 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Tnfsf4P43488 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Tnfsf4P43488 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Tnfsf4P43488 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.8 ms