Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Usp4P35123 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Usp4P35123 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Usp4P35123 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Usp4P35123 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp4P35123 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Usp4P35123 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Usp4P35123 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Usp4P35123 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Usp4P35123 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Usp4P35123 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Usp4P35123 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Usp4P35123 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.2 ms