Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Lamp2-203ENSMUST00000074913 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Cox6b1-201ENSMUST00000075738 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Kcnip2-203ENSMUST00000086993 1005 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Adamts2-201ENSMUST00000040523 7266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Irak1-206ENSMUST00000114354 3835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Trim8-201ENSMUST00000026008 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Piezo1-209ENSMUST00000156333 8219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Piezo1-201ENSMUST00000067252 8216 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Per1-201ENSMUST00000021271 4671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Crat-202ENSMUST00000102854 2160 ntTSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Taf10-203ENSMUST00000141116 4281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tm9sf1-203ENSMUST00000121791 2148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Il18r1-203ENSMUST00000167723 1919 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Fggy-202ENSMUST00000079223 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Emp2-201ENSMUST00000078357 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 S100b-201ENSMUST00000036387 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Wisp3-201ENSMUST00000076713 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Zdhhc23-201ENSMUST00000036321 1380 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Col7a1-201ENSMUST00000026740 9198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Trav13-3-201ENSMUST00000117226 336 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm15393-201ENSMUST00000120499 219 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Apoc3-203ENSMUST00000121916 709 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm11899-201ENSMUST00000142373 745 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gas5-210ENSMUST00000159706 557 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm17232-201ENSMUST00000164515 453 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ube2i-211ENSMUST00000173713 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Spag7-201ENSMUST00000018431 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
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Usf1Q61069 Gm28198-201ENSMUST00000190938 471 ntTSL 3 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm6916-202ENSMUST00000205523 195 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 AC238811.3-201ENSMUST00000225422 709 ntBASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Snx24-201ENSMUST00000025417 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ndufa4l2-201ENSMUST00000035735 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Lce3a-201ENSMUST00000067318 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tmem139-201ENSMUST00000095987 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Pou2f2-209ENSMUST00000175774 7047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ssfa2-202ENSMUST00000111785 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ace-201ENSMUST00000001963 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Necap2-201ENSMUST00000030760 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Reps2-202ENSMUST00000112334 7675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tacc1-202ENSMUST00000084512 6471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Actg1-204ENSMUST00000106215 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Pum2-202ENSMUST00000111122 6311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Bclaf3-201ENSMUST00000057180 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Olfr1372-ps1-202ENSMUST00000203403 9812 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
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Usf1Q61069 Kcnt1-213ENSMUST00000198204 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Krt20-201ENSMUST00000017743 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Plod1-202ENSMUST00000105712 1059 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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Usf1Q61069 Zfp936-202ENSMUST00000200973 578 ntTSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tmem253-203ENSMUST00000227295 704 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Rmi2-201ENSMUST00000037913 3742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Rnf224-202ENSMUST00000205192 1707 ntAPPRIS P1 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Kcnj8-201ENSMUST00000032374 2269 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Rad52-201ENSMUST00000032269 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Sybu-202ENSMUST00000110267 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Tmem161a-214ENSMUST00000182980 2080 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ctage5-213ENSMUST00000176464 4434 ntTSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Ptcd2-201ENSMUST00000022153 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Rab11fip4os2-201ENSMUST00000123067 689 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm833-201ENSMUST00000143133 884 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Rab10os-207ENSMUST00000179924 823 ntTSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Hddc3-208ENSMUST00000206122 696 ntTSL 3 BASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 AC162801.1-201ENSMUST00000220612 198 ntBASIC13.23□□□□□ -0.29
Usf1Q61069 Cnpy2-201ENSMUST00000026446 763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms