Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 A830031A19Rik-201ENSMUST00000068360 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Plscr3-201ENSMUST00000019605 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mllt11-201ENSMUST00000065482 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mapk8-201ENSMUST00000022504 2587 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Myo9b-203ENSMUST00000170242 7297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Apbb1-213ENSMUST00000189265 1429 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ptk7-201ENSMUST00000044442 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ubiad1-201ENSMUST00000051633 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Bmper-201ENSMUST00000071982 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cep126-201ENSMUST00000037397 3819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Adgrl1-210ENSMUST00000152978 5734 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ap2a1-202ENSMUST00000107857 3301 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Zfp57-211ENSMUST00000174524 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 B130055M24Rik-201ENSMUST00000144796 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Il11ra1-202ENSMUST00000108040 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Plekhn1-201ENSMUST00000105569 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Spns1-201ENSMUST00000032994 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Dip2b-202ENSMUST00000100203 8914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Calcb-203ENSMUST00000182816 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tnp2-201ENSMUST00000051297 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gpr137c-201ENSMUST00000146150 3917 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mast3-201ENSMUST00000166004 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm43056-201ENSMUST00000197865 2791 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ccdc50-203ENSMUST00000100026 7089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tspyl1-201ENSMUST00000061372 3086 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Acot4-201ENSMUST00000021652 6203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pdlim5-212ENSMUST00000200043 1581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Comt-202ENSMUST00000115609 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm3373-202ENSMUST00000177556 1955 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm3500-201ENSMUST00000177986 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Erg-206ENSMUST00000122199 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mlkl-201ENSMUST00000056157 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Clcc1-201ENSMUST00000029483 2224 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Rb1cc1-201ENSMUST00000027040 7607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ubc-202ENSMUST00000136312 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Trappc9-203ENSMUST00000168191 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Klhl12-203ENSMUST00000116528 3277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Acbd5-215ENSMUST00000228050 4804 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pdia2-202ENSMUST00000120333 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Etnk2-201ENSMUST00000129213 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tpt1-205ENSMUST00000142061 996 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ly6h-207ENSMUST00000163116 2801 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 A930033H14Rik-201ENSMUST00000170048 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mfng-201ENSMUST00000018313 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Shmt1-201ENSMUST00000018744 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm42670-201ENSMUST00000201816 1292 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm20383-201ENSMUST00000203799 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Nmur1-203ENSMUST00000212541 1534 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 AC164567.1-201ENSMUST00000219185 960 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ssr1-204ENSMUST00000225319 1610 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cyp27a1-201ENSMUST00000027356 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gins1-201ENSMUST00000028948 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Hes2-201ENSMUST00000030782 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Irs2-201ENSMUST00000040514 6323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Hist1h2bg-201ENSMUST00000079251 618 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Arpc1b-201ENSMUST00000085679 3105 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Hist1h2bn-201ENSMUST00000091709 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Pdlim4-202ENSMUST00000093109 962 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Frmd4b-203ENSMUST00000113355 4913 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Nell1-201ENSMUST00000081872 6617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Tfe3-201ENSMUST00000077680 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Rnf4-207ENSMUST00000182709 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Emb-201ENSMUST00000022242 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mzf1-204ENSMUST00000182490 2872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Rusc2-207ENSMUST00000131668 5093 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ephb1-201ENSMUST00000035129 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Mindy3-201ENSMUST00000028105 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 9330020H09Rik-201ENSMUST00000163781 2147 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Rab9b-201ENSMUST00000058814 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Snx8-205ENSMUST00000196566 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Cyp4f18-201ENSMUST00000003574 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Iqsec3-201ENSMUST00000046373 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Dnase1l2-202ENSMUST00000119932 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Lhpp-201ENSMUST00000033241 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Catsper4-204ENSMUST00000169381 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Ndufs7-202ENSMUST00000105364 983 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Usp4P35123 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.1 ms