Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Lrp4-201ENSMUST00000028689 7926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Grk5-201ENSMUST00000003313 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Prkab2-201ENSMUST00000045743 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Unc93b1-203ENSMUST00000162708 2266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Synj2-210ENSMUST00000115791 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Hnrnpa2b1-210ENSMUST00000204188 1518 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10044-204ENSMUST00000170177 659 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ighv8-7-201ENSMUST00000194349 297 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 AC124732.2-201ENSMUST00000221977 316 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6594-201ENSMUST00000097278 288 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc90b-201ENSMUST00000032842 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Synrg-201ENSMUST00000049714 3995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Parm1-201ENSMUST00000040576 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Pcolce2-201ENSMUST00000015498 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Nyap1-201ENSMUST00000061789 3912 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Phldb1-211ENSMUST00000135436 2844 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ehd4-201ENSMUST00000028755 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Meis2-204ENSMUST00000110906 3229 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sacm1l-201ENSMUST00000026270 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sec24a-204ENSMUST00000109097 6581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45605-201ENSMUST00000210265 4269 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Aifm1-202ENSMUST00000114945 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem217-202ENSMUST00000168339 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Commd9-201ENSMUST00000028584 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sox1ot-202ENSMUST00000186174 7420 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Taf6-201ENSMUST00000048698 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ano10-201ENSMUST00000042546 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm21009-201ENSMUST00000197169 1669 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 4930556H04Rik-201ENSMUST00000222451 1675 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rnf114-202ENSMUST00000109214 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm14780-201ENSMUST00000118387 2737 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Disp2-204ENSMUST00000110846 1732 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd10-202ENSMUST00000169782 5156 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Wt1-202ENSMUST00000111099 2441 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Srsf11-204ENSMUST00000121326 3106 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgef25-201ENSMUST00000019611 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem40-202ENSMUST00000112946 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Fam234a-201ENSMUST00000114988 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tubgcp4-215ENSMUST00000186659 2915 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Csnk2a2-201ENSMUST00000056919 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Sidt2-201ENSMUST00000038488 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13464-201ENSMUST00000119418 935 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11682-201ENSMUST00000144689 516 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13883-202ENSMUST00000151310 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27430-201ENSMUST00000184585 107 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm44333-201ENSMUST00000197168 107 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 4930573H18Rik-201ENSMUST00000197696 906 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem86b-204ENSMUST00000206610 522 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Lmbr1-204ENSMUST00000198105 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnj8-201ENSMUST00000032374 2269 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm7a-201ENSMUST00000002305 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rbfox3-203ENSMUST00000103023 2809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Usp35-201ENSMUST00000139582 4262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ttc16-202ENSMUST00000091059 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Mbtps2-201ENSMUST00000058098 4797 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Crb2-201ENSMUST00000050372 6372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp316-202ENSMUST00000161448 6891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tmod2-207ENSMUST00000215462 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Anks1b-214ENSMUST00000182356 7561 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cradd-201ENSMUST00000053594 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Rufy3-205ENSMUST00000198965 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tubb3-201ENSMUST00000071134 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13015-201ENSMUST00000118674 204 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20444-201ENSMUST00000174014 648 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Tex12-201ENSMUST00000034568 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 G430095P16Rik-201ENSMUST00000098571 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Prss22-201ENSMUST00000041649 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Crhr2-209ENSMUST00000213026 1443 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Cbfa2t3-202ENSMUST00000064674 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Ccdc39Q9D5Y1 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37 ms