Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ncr3-ps-201ENSMUST00000134687 525 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ccnh-202ENSMUST00000163600 1055 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Caly-201ENSMUST00000026541 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Syce1l-201ENSMUST00000034219 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Tex12-201ENSMUST00000034568 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Syce1l-202ENSMUST00000095173 791 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 4930556H04Rik-201ENSMUST00000222451 1675 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Cradd-201ENSMUST00000053594 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Dnm1l-203ENSMUST00000115749 4068 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Dnm1l-202ENSMUST00000096229 4056 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ercc1-201ENSMUST00000003645 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Tmod2-207ENSMUST00000215462 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Farp2-202ENSMUST00000122402 2816 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Tada3-201ENSMUST00000032410 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm17396-201ENSMUST00000172075 1655 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hoxd12-201ENSMUST00000001878 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Nptn-201ENSMUST00000085651 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hist3h2bb-ps-201ENSMUST00000117558 465 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Cd209f-202ENSMUST00000138439 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Cd209f-203ENSMUST00000145007 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm27622-201ENSMUST00000183779 60 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Fam208a-201ENSMUST00000022450 7590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Teddm2-202ENSMUST00000123490 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hsd3b7-202ENSMUST00000106271 1713 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Slc39a11-202ENSMUST00000071539 2664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Anks1-201ENSMUST00000025058 6844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Pola2-201ENSMUST00000025752 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Eif4g1-202ENSMUST00000073840 5394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 AC164565.1-201ENSMUST00000217520 1484 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Fbxl16-201ENSMUST00000045692 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Pcp2-202ENSMUST00000128566 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hdhd2-203ENSMUST00000097522 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Pus1-207ENSMUST00000170468 1510 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hnrnpul1-205ENSMUST00000206832 3784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 B230219D22Rik-201ENSMUST00000057844 4652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Zfp703-202ENSMUST00000154256 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Rpl9-202ENSMUST00000118543 1193 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm15458-201ENSMUST00000156950 709 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Tgfb1i1-203ENSMUST00000163609 1053 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm25144-201ENSMUST00000179561 110 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm25352-201ENSMUST00000179815 110 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Klk2-ps-201ENSMUST00000205342 571 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm20949-201ENSMUST00000206478 952 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Pgm2-201ENSMUST00000058351 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Dnm1l-201ENSMUST00000023477 4017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gata1-201ENSMUST00000033502 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Psen2-201ENSMUST00000010753 2004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Eif2d-202ENSMUST00000068805 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Klhl12-202ENSMUST00000112232 3220 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Plxdc2-203ENSMUST00000114703 2061 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Mapk8ip2-201ENSMUST00000023291 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Zdhhc8-201ENSMUST00000076957 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Mrap2-203ENSMUST00000179313 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 BC037032-201ENSMUST00000140003 3974 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Rfx5-202ENSMUST00000107253 4367 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Krt2-201ENSMUST00000023712 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Zfp90-201ENSMUST00000034382 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 H60b-201ENSMUST00000105522 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm3054-201ENSMUST00000111075 265 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Cab39-202ENSMUST00000113360 3805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Gm11515-201ENSMUST00000150818 701 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 1700025N23Rik-201ENSMUST00000186189 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Timm13-201ENSMUST00000020440 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 AC158529.1-201ENSMUST00000223618 239 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Fzd7-201ENSMUST00000114246 4532 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Ptprm-202ENSMUST00000223982 4802 ntAPPRIS P2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Slc2a6-202ENSMUST00000102890 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Hdgfl1-201ENSMUST00000055915 1993 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Adarb1-202ENSMUST00000098374 6584 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Trp53rkb-203ENSMUST00000151826 4426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Traf1P39428 Dnajc2-203ENSMUST00000115193 2416 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Traf1P39428 Taf6-201ENSMUST00000048698 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Traf1P39428 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
Traf1P39428 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.3
Traf1P39428 Lamc1-201ENSMUST00000027752 7622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Traf1P39428 Ica1l-201ENSMUST00000027172 3650 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.2 ms