Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fam76a-201ENSMUST00000030696 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 H13-203ENSMUST00000109825 1063 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Prl8a1-201ENSMUST00000006664 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Gemin6-201ENSMUST00000069486 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Phka1-204ENSMUST00000119229 6025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 9930104L06Rik-201ENSMUST00000094769 2911 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Ociad2-201ENSMUST00000087195 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Smc6-208ENSMUST00000218866 3373 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Clec16a-211ENSMUST00000155633 6213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Gapvd1-202ENSMUST00000102800 8339 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Pard3b-202ENSMUST00000075374 8392 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Elf3-202ENSMUST00000185752 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Eml3-201ENSMUST00000096241 3322 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Mapk8-201ENSMUST00000022504 2587 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Tfap2a-202ENSMUST00000110193 2863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 B430305J03Rik-201ENSMUST00000066298 3702 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 AC154849.3-201ENSMUST00000223733 1660 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 AC102523.2-201ENSMUST00000227813 983 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Tfap2c-206ENSMUST00000170744 2776 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Gps1-201ENSMUST00000100134 1925 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Pnrc2-201ENSMUST00000030436 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Fut9-202ENSMUST00000108199 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Hsph1-201ENSMUST00000074846 3240 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Ell-201ENSMUST00000093454 3072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Tnn-201ENSMUST00000039178 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Arl6ip6-201ENSMUST00000028336 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Pantr2-201ENSMUST00000180589 463 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Rasl12-202ENSMUST00000165682 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Sh2b3-202ENSMUST00000086310 4195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Aff2-201ENSMUST00000033532 4523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Rnf144a-201ENSMUST00000020971 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Dab1-203ENSMUST00000106830 5278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
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Rnf40Q3U319 Unc119b-201ENSMUST00000060798 3659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Lsm12-202ENSMUST00000107156 2015 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Lrch4-202ENSMUST00000175968 2036 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Qsox1-202ENSMUST00000111764 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Trim52-201ENSMUST00000022708 3075 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Phldb1-214ENSMUST00000147495 5424 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Chrnb1-201ENSMUST00000045971 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Palm2-202ENSMUST00000102905 3271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Ccdc103-201ENSMUST00000021307 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Rnf40Q3U319 Unc5b-203ENSMUST00000218637 3653 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.3 ms