Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pnkp-203ENSMUST00000107876 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ctnnbip1-202ENSMUST00000105692 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ngf-202ENSMUST00000106925 1187 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ccdc69-202ENSMUST00000108880 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rgs20-203ENSMUST00000119256 883 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm17613-201ENSMUST00000138893 669 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Smim22-206ENSMUST00000184256 381 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ighv5-13-201ENSMUST00000193550 290 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pim2-204ENSMUST00000223553 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Six3os1-212ENSMUST00000177220 5601 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Dock1-206ENSMUST00000211593 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tmem8b-203ENSMUST00000107866 4998 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm28372-201ENSMUST00000188900 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Eif2b2-201ENSMUST00000004910 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Blzf1-202ENSMUST00000086032 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hacd3-201ENSMUST00000036615 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rab34-203ENSMUST00000108322 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tnfrsf13c-202ENSMUST00000109535 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rpl5-201ENSMUST00000082223 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tspan32-204ENSMUST00000105923 1499 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Stra8-201ENSMUST00000031876 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Agbl3-204ENSMUST00000115016 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 AC163637.1-201ENSMUST00000215491 1894 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Crem-203ENSMUST00000082141 2820 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Trim62-201ENSMUST00000035667 3752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tpcn1-201ENSMUST00000046426 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hist1h4n-201ENSMUST00000102979 430 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm26839-201ENSMUST00000180686 842 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Khk-201ENSMUST00000031053 1257 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Uxs1-202ENSMUST00000126008 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Zfp451-201ENSMUST00000019861 3958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 P2ry2-206ENSMUST00000208340 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Aaed1-207ENSMUST00000222570 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Dlgap1-207ENSMUST00000133983 7173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Dctd-201ENSMUST00000033966 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Dclk2-201ENSMUST00000029719 4012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rpn2-201ENSMUST00000029171 2621 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Nfat5-211ENSMUST00000151114 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rprd1a-201ENSMUST00000046206 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Snrnp27-202ENSMUST00000113683 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cmss1-201ENSMUST00000114371 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm16194-204ENSMUST00000141797 475 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 2810408I11Rik-202ENSMUST00000150749 711 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ffar3-202ENSMUST00000185748 1234 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm6745-201ENSMUST00000199216 526 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm44719-201ENSMUST00000206404 149 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Caly-201ENSMUST00000026541 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm6180-201ENSMUST00000065243 498 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ssfa2-202ENSMUST00000111785 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Insc-201ENSMUST00000117543 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cpne6-203ENSMUST00000165262 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Eda-206ENSMUST00000113779 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Shank1-203ENSMUST00000107938 9826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Plppr2-202ENSMUST00000188468 1480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 1600020E01Rik-207ENSMUST00000204738 1997 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ppp4r3a-202ENSMUST00000163095 4083 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Twf2-201ENSMUST00000024047 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Fam174b-201ENSMUST00000107456 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ccdc68-201ENSMUST00000043929 1618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tulp3-201ENSMUST00000001562 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Lrrc42-201ENSMUST00000030360 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Abhd16b-201ENSMUST00000069649 1775 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm15222-201ENSMUST00000127359 344 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 1700016P03Rik-201ENSMUST00000134252 863 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Atp6v1f-203ENSMUST00000149646 806 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gstt4-202ENSMUST00000160211 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Mroh1-217ENSMUST00000162319 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm37748-201ENSMUST00000194379 1140 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Coprs-202ENSMUST00000209371 601 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm6218-201ENSMUST00000219812 628 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Mzt2-201ENSMUST00000023351 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34 ms