Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Gjd2-201ENSMUST00000090275 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Tmc8-203ENSMUST00000117781 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Spred1-201ENSMUST00000028829 6016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Uros-203ENSMUST00000106145 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Pdzd11-201ENSMUST00000015812 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Nrxn1-204ENSMUST00000159778 3414 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Upf3bQ3ULL6 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gdf3-201ENSMUST00000032211 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Cacnb1-201ENSMUST00000017552 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Kat8-201ENSMUST00000033070 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Morc4-201ENSMUST00000033811 4412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm13410-201ENSMUST00000117058 1415 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Pcdha5-201ENSMUST00000192168 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Clstn1-201ENSMUST00000039144 3319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 4933421O10Rik-201ENSMUST00000155691 3847 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Cby3-202ENSMUST00000164067 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Olfr1344-201ENSMUST00000168341 1061 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Treml1-204ENSMUST00000224001 1220 ntAPPRIS P2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 G0s2-201ENSMUST00000009777 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Clstn1-202ENSMUST00000105691 4459 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Smpd1-201ENSMUST00000046983 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Hdgfl1-201ENSMUST00000055915 1993 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm37736-201ENSMUST00000193564 2802 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm21009-201ENSMUST00000197169 1669 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm9768-201ENSMUST00000206007 2861 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Mtus2-204ENSMUST00000110514 1532 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gjb1-202ENSMUST00000119080 1513 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Rnase10-202ENSMUST00000164632 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Rgs14-201ENSMUST00000063771 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Fkbp4-201ENSMUST00000032508 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Rgl1-203ENSMUST00000111859 5092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Loxl4-203ENSMUST00000164786 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Alx4-201ENSMUST00000042078 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Coasy-201ENSMUST00000001806 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Trim11-203ENSMUST00000108810 2301 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Casz1-202ENSMUST00000122222 7926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Hist1h4n-201ENSMUST00000102979 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Hist1h4m-201ENSMUST00000104941 402 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm12892-201ENSMUST00000117367 1146 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm9385-201ENSMUST00000117563 472 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Pmf1-201ENSMUST00000056370 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Bin2-207ENSMUST00000183211 2036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Rcn3-201ENSMUST00000019683 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Rcn3-208ENSMUST00000211352 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Csrnp1-203ENSMUST00000214058 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Tmem82-201ENSMUST00000053263 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Tmem26-201ENSMUST00000080995 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Zdhhc25-201ENSMUST00000066949 1368 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Pnliprp2-201ENSMUST00000026081 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Snx11-201ENSMUST00000021246 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Atl1-201ENSMUST00000021466 5150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Xylt2-201ENSMUST00000116349 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm29208-203ENSMUST00000213687 2219 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 AC131743.5-201ENSMUST00000220775 1618 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Hs3st3a1-201ENSMUST00000058652 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Osbpl10-201ENSMUST00000046627 1872 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Zfp184-202ENSMUST00000102978 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm16026-204ENSMUST00000162652 683 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ndufs6-204ENSMUST00000223293 757 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Sirpa-203ENSMUST00000103202 3982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Lmna-203ENSMUST00000120377 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Gm8096-201ENSMUST00000209921 1591 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Arhgap44-201ENSMUST00000047463 4074 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Zfp868-202ENSMUST00000121886 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Crmp1-202ENSMUST00000114158 3051 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Eftud2-202ENSMUST00000107060 3339 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Usp35-201ENSMUST00000139582 4262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Krt2-201ENSMUST00000023712 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Prkab2-201ENSMUST00000045743 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Mok-202ENSMUST00000070565 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Dgki-203ENSMUST00000101532 4596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Ralgds-203ENSMUST00000113893 3683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Bicc1-201ENSMUST00000014473 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Abhd16b-201ENSMUST00000069649 1775 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Upf3bQ3ULL6 Slpi-201ENSMUST00000109367 876 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.9 ms