Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Lima1Q9ERG0 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Lima1Q9ERG0 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Lima1Q9ERG0 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lima1Q9ERG0 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
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