Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Vps28Q9D1C8 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Vps28Q9D1C8 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Vps28Q9D1C8 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Vps28Q9D1C8 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Vps28Q9D1C8 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.8 ms