Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col6a1Q04857 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Col6a1Q04857 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Serp2-204ENSMUST00000228055 705 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Col6a1Q04857 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col6a1Q04857 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 69.3 ms