Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Armc9-205ENSMUST00000131412 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Mettl27-203ENSMUST00000111218 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cpne6-201ENSMUST00000074225 2201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Vrk3-201ENSMUST00000002275 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Grin1os-201ENSMUST00000129723 2891 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rbm15-201ENSMUST00000061772 4343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Pitpnm2-209ENSMUST00000161938 5866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Fuz-213ENSMUST00000209039 1453 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Abhd15-201ENSMUST00000094004 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cadm2-203ENSMUST00000120898 2768 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Prrx1-202ENSMUST00000075805 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Sphk1-204ENSMUST00000106386 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Dcaf13-201ENSMUST00000022909 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Arl5c-201ENSMUST00000042971 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Syt6-201ENSMUST00000090697 4416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Dnajc8-206ENSMUST00000105940 772 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Cby3-202ENSMUST00000164067 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 5430405H02Rik-203ENSMUST00000185402 904 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Pkp2-201ENSMUST00000039408 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Hspa1a-201ENSMUST00000087328 2967 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Islr2-203ENSMUST00000163897 4303 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Pqbp1-202ENSMUST00000115654 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Rarb-201ENSMUST00000063750 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Mmp28-203ENSMUST00000108137 2451 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 1700022A21Rik-202ENSMUST00000182910 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Scamp1-201ENSMUST00000022197 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Adcy3-204ENSMUST00000127756 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Arl6ip1-201ENSMUST00000032888 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Isoc2a-201ENSMUST00000125249 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Bclaf3-202ENSMUST00000112464 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Vps28Q9D1C8 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Dlc1-203ENSMUST00000098826 6241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Vopp1-204ENSMUST00000145608 4590 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Tpm1-214ENSMUST00000113701 1677 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Dio1-202ENSMUST00000106748 396 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Trem2-202ENSMUST00000113237 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 1190007I07Rik-203ENSMUST00000183363 406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Hddc3-206ENSMUST00000206074 565 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Calcb-201ENSMUST00000032902 962 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Mt3-201ENSMUST00000034211 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 1190007I07Rik-201ENSMUST00000079648 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Acox1-201ENSMUST00000066587 3987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Sorbs1-208ENSMUST00000224247 2688 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Apol8-201ENSMUST00000070911 1838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Nr1i3-203ENSMUST00000111328 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Synj2-210ENSMUST00000115791 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Mapk9-210ENSMUST00000178543 4677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Susd3-202ENSMUST00000058196 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Fgf5-201ENSMUST00000031280 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gal3st4-202ENSMUST00000161279 2059 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm13344-201ENSMUST00000137714 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Ube2d3-212ENSMUST00000197859 3833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Arhgef25-201ENSMUST00000019611 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Zmynd11-207ENSMUST00000110638 4003 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Ncf1-205ENSMUST00000144086 2882 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Tcf3-208ENSMUST00000105344 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Myrf-202ENSMUST00000186056 3636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm16151-201ENSMUST00000129696 639 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm29202-201ENSMUST00000191263 422 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Ucn-202ENSMUST00000201184 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Pold4-201ENSMUST00000025773 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Gm15500-202ENSMUST00000071641 1019 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Card9-202ENSMUST00000100303 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Vps28Q9D1C8 Adora2a-201ENSMUST00000105420 2596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37 ms