Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Kcnc1-201ENSMUST00000025202 7760 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Irf7-201ENSMUST00000026571 1916 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Trnt1-204ENSMUST00000113249 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Sybu-203ENSMUST00000110269 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Kif21a-203ENSMUST00000100304 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Kif21a-202ENSMUST00000088614 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Taf6l-212ENSMUST00000177216 2167 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Dmc1-201ENSMUST00000023065 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Pde7b-206ENSMUST00000170265 1380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Tigd5-201ENSMUST00000192937 4801 ntAPPRIS P1 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Kcnab2-202ENSMUST00000105648 1576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Hip1r-201ENSMUST00000000939 6735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Cdkn1b-203ENSMUST00000204807 1757 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 1700037H04Rik-202ENSMUST00000103188 1241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Rnd1-203ENSMUST00000120997 856 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
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Usf1Q61069 1700072B07Rik-201ENSMUST00000191141 445 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm38293-201ENSMUST00000193209 600 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 1700017L05Rik-201ENSMUST00000201654 558 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 9230110C19Rik-202ENSMUST00000215478 533 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Hfe-201ENSMUST00000006787 516 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Hfe-203ENSMUST00000091707 816 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Tcea1-202ENSMUST00000165720 2854 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Kcnq2-217ENSMUST00000149964 8209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Zfp707-202ENSMUST00000109967 1703 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Spon1-202ENSMUST00000084696 5201 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Mccc2-201ENSMUST00000022148 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Gm42918-201ENSMUST00000199249 1580 ntBASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Itgav-202ENSMUST00000111740 6788 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
Usf1Q61069 Camsap3-201ENSMUST00000057028 4450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Rab27b-202ENSMUST00000117692 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Ngf-202ENSMUST00000106925 1187 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Apip-201ENSMUST00000011055 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Crybb3-204ENSMUST00000119627 828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 AC164567.1-201ENSMUST00000219185 960 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
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Usf1Q61069 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Efnb3-201ENSMUST00000004036 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Sco1-201ENSMUST00000092996 2412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Art3-205ENSMUST00000120193 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Ppp1r8-201ENSMUST00000030702 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Cpeb3-212ENSMUST00000154376 5671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Psmc3-202ENSMUST00000067663 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Plxnc1-201ENSMUST00000099337 7302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Sergef-201ENSMUST00000033127 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Rnd1-202ENSMUST00000109149 1034 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Ppp1r14d-202ENSMUST00000110820 790 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Tpm3-205ENSMUST00000121503 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Mir1897-201ENSMUST00000122581 272 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Cd63-ps-201ENSMUST00000145417 875 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Ube2f-210ENSMUST00000191368 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 2900022M07Rik-201ENSMUST00000193912 1017 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gm37117-201ENSMUST00000194238 589 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gm42787-201ENSMUST00000200879 1164 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Tspan3-203ENSMUST00000215906 842 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gm20445-201ENSMUST00000061905 565 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Slc46a3-202ENSMUST00000118527 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Spsb1-203ENSMUST00000105685 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gpc1-201ENSMUST00000045970 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
Usf1Q61069 Gm6263-201ENSMUST00000120029 1342 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms