Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tuft1-203ENSMUST00000196655 2156 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Nfe2l1-204ENSMUST00000107659 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gtf2h1-201ENSMUST00000006774 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 9330182L06Rik-202ENSMUST00000115348 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 1010001N08Rik-201ENSMUST00000180789 1967 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Miip-202ENSMUST00000119975 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Mir124-2hg-202ENSMUST00000186746 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
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Rnf40Q3U319 Gm10698-201ENSMUST00000182663 604 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Ntn4-201ENSMUST00000020204 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Epha1-203ENSMUST00000204357 2948 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gpat2-201ENSMUST00000062211 2628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Nup62-203ENSMUST00000207103 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Tsc2-217ENSMUST00000227745 5598 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Hsd3b7-202ENSMUST00000106271 1713 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Camsap2-202ENSMUST00000192001 6329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Atp2a3-207ENSMUST00000163326 4606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Kcnma1-214ENSMUST00000190044 3747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Jph3-201ENSMUST00000026357 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rinl-206ENSMUST00000209035 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Pcdha11-201ENSMUST00000115658 5359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Slc9a3-201ENSMUST00000036208 2490 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Actg1-204ENSMUST00000106215 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
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Rnf40Q3U319 Ints3-202ENSMUST00000071488 4038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Wdr45b-201ENSMUST00000026173 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rrp1b-201ENSMUST00000081339 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
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Rnf40Q3U319 Tcp11l1-201ENSMUST00000028597 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rgs6-216ENSMUST00000200911 2626 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Irf7-201ENSMUST00000026571 1916 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Fbxo27-201ENSMUST00000039998 1946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Kcnk6-201ENSMUST00000085818 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Vamp8-202ENSMUST00000142613 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Rnf40Q3U319 Gng4-201ENSMUST00000021734 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Lgi3-201ENSMUST00000047331 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Rnf40Q3U319 Mzf1-204ENSMUST00000182490 2872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Erp29-203ENSMUST00000130451 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Aldh1a2-201ENSMUST00000034723 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rcan1-201ENSMUST00000023672 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rbsn-201ENSMUST00000014694 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Slc35c2-201ENSMUST00000017808 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Kirrel-202ENSMUST00000107618 7278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rxrg-202ENSMUST00000111380 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gbe1-207ENSMUST00000171132 3303 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Kcnk13-202ENSMUST00000160413 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Iffo1-201ENSMUST00000117675 2833 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Arid3a-202ENSMUST00000105376 4892 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Tpr-203ENSMUST00000124973 7430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Ndufa12-201ENSMUST00000020209 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Gm17872-201ENSMUST00000222550 532 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Zfp879-202ENSMUST00000109133 2229 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Radil-201ENSMUST00000063635 3700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Rnf40Q3U319 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
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