Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Rnf40Q3U319 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Rnf40Q3U319 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Rnf40Q3U319 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59.4 ms