Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Rfx1P48377 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Rfx1P48377 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Rfx1P48377 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Rfx1P48377 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Rfx1P48377 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.4 ms