Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Mdh2-201ENSMUST00000019323 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Cops9-202ENSMUST00000112999 653 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Rps13-ps4-201ENSMUST00000117927 456 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Rps13-ps5-201ENSMUST00000117939 456 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm15483-201ENSMUST00000120338 456 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 3110079O15Rik-201ENSMUST00000027476 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Dnal1-201ENSMUST00000046340 790 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Krt74-201ENSMUST00000088018 1648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Arhgef9-219ENSMUST00000199920 1976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Fam81a-201ENSMUST00000034749 3703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ap3s1-201ENSMUST00000025357 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm5105-201ENSMUST00000053318 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Fbxo15-204ENSMUST00000224467 1908 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 4933412A08Rik-201ENSMUST00000061046 1343 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Hmga1-201ENSMUST00000114888 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Apol8-201ENSMUST00000070911 1838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 CT025626.1-201ENSMUST00000223735 1455 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ptpn6-210ENSMUST00000174265 1743 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Hgfac-201ENSMUST00000030985 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Oas1a-201ENSMUST00000080322 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Tjp3-201ENSMUST00000045744 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 2810047C21Rik1-201ENSMUST00000172930 915 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm43474-201ENSMUST00000196415 774 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm34397-203ENSMUST00000214991 630 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Eef1akmt2-201ENSMUST00000033257 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Fmnl3-201ENSMUST00000081224 4137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Slc25a19-201ENSMUST00000021089 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Oser1-202ENSMUST00000104954 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Miip-202ENSMUST00000119975 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Slc27a5-202ENSMUST00000120903 1468 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Usp47-201ENSMUST00000106653 5540 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Ubap1l-201ENSMUST00000147185 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ppm1m-201ENSMUST00000076258 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Kat8-201ENSMUST00000033070 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Fgfr4-201ENSMUST00000005452 3324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Chrna4-202ENSMUST00000108851 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Otop3-201ENSMUST00000019006 2422 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Gm13244-201ENSMUST00000118855 1446 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm30437-201ENSMUST00000206086 1201 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Sbk2-201ENSMUST00000032598 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
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Usp47Q8BY87 Zyx-207ENSMUST00000203652 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Pxn-201ENSMUST00000067268 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Pou2f3-202ENSMUST00000176636 2522 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm11738-201ENSMUST00000134069 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Pltp-201ENSMUST00000059954 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Rab6a-202ENSMUST00000098252 3110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Tulp2-205ENSMUST00000107762 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Zbed5-201ENSMUST00000041466 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm27198-201ENSMUST00000184172 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Acot10-201ENSMUST00000052910 1537 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Wt1-201ENSMUST00000111098 2395 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Rbpms2-202ENSMUST00000169003 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Gm14701-201ENSMUST00000117156 348 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Dph3-205ENSMUST00000124303 809 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Crem-221ENSMUST00000142690 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Mpped1-210ENSMUST00000172115 795 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Mpped1-211ENSMUST00000172398 795 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Ndufs6-203ENSMUST00000222930 512 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 Rxfp4-201ENSMUST00000063119 1245 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp47Q8BY87 A830018L16Rik-201ENSMUST00000048613 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.8 ms