Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULJ3

Upf3a, MCG3697, isoform CRA_c, mousemouse

Predictions only

Length 422 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3aQ3ULJ3 Gm42934-201ENSMUST00000196920 1345 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm26821-201ENSMUST00000181954 2652 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Dsg2-201ENSMUST00000059787 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Pde3b-201ENSMUST00000032909 6573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gmppa-201ENSMUST00000037796 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Tpm3-205ENSMUST00000121503 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Vps53-204ENSMUST00000129256 650 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Mir6977-201ENSMUST00000184960 64 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm31105-201ENSMUST00000211421 687 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Polr2j-201ENSMUST00000041366 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm34419-201ENSMUST00000211383 1387 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Upf3aQ3ULJ3 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Galnt13-202ENSMUST00000112634 7639 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Chac1-201ENSMUST00000028780 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Oser1-202ENSMUST00000104954 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Mydgf-201ENSMUST00000019723 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Zfp74-203ENSMUST00000108211 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Lcn6-202ENSMUST00000114197 635 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm20444-201ENSMUST00000174014 648 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Commd9-201ENSMUST00000028584 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Tmem116-202ENSMUST00000060004 1297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Hnrnpll-205ENSMUST00000184635 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Stra8-203ENSMUST00000114999 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Klhl29-201ENSMUST00000020958 7041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm42918-201ENSMUST00000199249 1580 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm8096-201ENSMUST00000209921 1591 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Slain1-201ENSMUST00000069443 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Pdhb-201ENSMUST00000022268 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm11724-201ENSMUST00000125577 472 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Vdac2-209ENSMUST00000173456 956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Cox6b2-203ENSMUST00000182111 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rpl32-202ENSMUST00000203816 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rnf25-202ENSMUST00000113721 1451 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ntng2-204ENSMUST00000102873 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm45723-201ENSMUST00000212135 1783 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Slfnl1-201ENSMUST00000062990 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rwdd2b-201ENSMUST00000039101 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Nrg3-201ENSMUST00000166968 4011 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Cryba4-202ENSMUST00000112383 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm12151-201ENSMUST00000121374 290 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Nr2f1-202ENSMUST00000125176 841 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm15199-201ENSMUST00000129933 542 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm27437-201ENSMUST00000183429 107 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm8597-201ENSMUST00000191525 1109 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm45091-201ENSMUST00000205799 504 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 AC125206.2-201ENSMUST00000217454 574 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Vps25-202ENSMUST00000042477 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Apobec2-201ENSMUST00000046549 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Ifng-201ENSMUST00000068592 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Tmem87b-201ENSMUST00000110325 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Upf3aQ3ULJ3 Rbpms2-202ENSMUST00000169003 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 80.6 ms