Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Tbp-201ENSMUST00000014911 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Dmpk-202ENSMUST00000108473 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Zbtb7c-201ENSMUST00000058997 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Tpd52-205ENSMUST00000120143 6317 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Pde5a-204ENSMUST00000200389 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
Col6a1Q04857 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Id1-202ENSMUST00000109824 1160 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm9385-201ENSMUST00000117563 472 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm13223-201ENSMUST00000118609 747 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm29455-202ENSMUST00000186697 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ldha-210ENSMUST00000209984 1815 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm6018-201ENSMUST00000216090 1306 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC122024.2-201ENSMUST00000220086 871 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC131710.1-201ENSMUST00000228336 990 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Trappc4-201ENSMUST00000034623 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rfc3-201ENSMUST00000038131 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Lce3e-201ENSMUST00000098886 607 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1190002N15Rik-201ENSMUST00000113028 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Med15-202ENSMUST00000080936 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tbrg4-212ENSMUST00000189268 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 0610009E02Rik-201ENSMUST00000133463 1609 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm14127-201ENSMUST00000117906 678 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ercc8-202ENSMUST00000120672 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm38554-201ENSMUST00000201639 708 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Slc12a5-208ENSMUST00000202479 1202 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC151971.1-201ENSMUST00000217329 993 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm18246-201ENSMUST00000221023 728 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Serf2-204ENSMUST00000139253 3056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tmem65-201ENSMUST00000072113 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Taf10-203ENSMUST00000141116 4281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Prkag1-201ENSMUST00000168846 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Spock3-204ENSMUST00000119068 3201 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Chrm3-202ENSMUST00000187510 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Slc30a2-201ENSMUST00000081094 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Casc3-201ENSMUST00000017384 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Zbtb46-202ENSMUST00000087409 2577 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 AC155937.1-201ENSMUST00000125635 831 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gldnos-201ENSMUST00000149237 841 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Cend1-204ENSMUST00000164387 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Klrg2-202ENSMUST00000201345 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 S100a13-201ENSMUST00000048138 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm2423-201ENSMUST00000074863 733 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Fam217a-204ENSMUST00000225242 1811 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Trip10-201ENSMUST00000019631 2224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Psen2-203ENSMUST00000111105 1575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rft1-201ENSMUST00000064230 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Rtn3-201ENSMUST00000025667 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm16011-201ENSMUST00000121567 2662 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Sh3bgr-201ENSMUST00000048770 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Krtap1-3-201ENSMUST00000104930 879 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm15693-201ENSMUST00000120470 637 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Col6a1Q04857 Gm15201-201ENSMUST00000136472 1210 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.6 ms