Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

Predictions only

Length 433 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Med15-202ENSMUST00000080936 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ip6k2-206ENSMUST00000193560 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Trappc5-201ENSMUST00000044857 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Rfx5-202ENSMUST00000107253 4367 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm13337-201ENSMUST00000119183 1594 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Abi2-206ENSMUST00000188594 1658 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 AC154849.3-201ENSMUST00000223733 1660 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ssu2-201ENSMUST00000060847 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tead3-206ENSMUST00000156862 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm6583-201ENSMUST00000051117 2233 ntAPPRIS P1 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 6430710C18Rik-203ENSMUST00000136807 1540 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Esr1-203ENSMUST00000105589 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Agbl3-205ENSMUST00000115017 3719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Apba3-211ENSMUST00000220297 2268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Cpt2-203ENSMUST00000106720 1015 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Epo-202ENSMUST00000111038 855 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm11453-201ENSMUST00000117318 1007 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm14722-201ENSMUST00000118943 689 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 5033428I22Rik-203ENSMUST00000210614 952 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ly6d-201ENSMUST00000040404 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Meaf6-201ENSMUST00000055213 872 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tdrd6-203ENSMUST00000168073 7062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tdrd6-201ENSMUST00000045717 7055 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Dmpk-202ENSMUST00000108473 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Wnt5b-202ENSMUST00000118120 2115 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Erf-201ENSMUST00000045847 3505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Agap1-201ENSMUST00000027521 11921 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Runx2-202ENSMUST00000113571 5898 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mvd-201ENSMUST00000006692 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Fam83g-202ENSMUST00000093019 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 9130401M01Rik-201ENSMUST00000100655 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm17018-201ENSMUST00000047057 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ppp1r2-201ENSMUST00000060188 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Dynlt1c-201ENSMUST00000092966 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ccdc68-201ENSMUST00000043929 1618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Wwox-207ENSMUST00000160862 1715 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Rnf220-203ENSMUST00000102690 1842 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Itga8-201ENSMUST00000028106 5812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Vps25-203ENSMUST00000100414 1220 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 0610010K14Rik-204ENSMUST00000102569 778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm45799-202ENSMUST00000106786 409 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 A330069E16Rik-201ENSMUST00000181191 887 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mrps36-202ENSMUST00000078573 571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Zpbp2-204ENSMUST00000107511 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Reep4-201ENSMUST00000047218 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Wnt5b-201ENSMUST00000117171 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Foxp4-202ENSMUST00000113262 3198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gm5366-201ENSMUST00000215494 1338 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Echdc2-201ENSMUST00000052999 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 BC037032-204ENSMUST00000155191 3291 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Add1-203ENSMUST00000114335 4547 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mlec-201ENSMUST00000112121 5955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Smtnl1-201ENSMUST00000028471 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Zfp800-202ENSMUST00000115320 4311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Galnt6os-201ENSMUST00000160960 1389 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Adprhl1-201ENSMUST00000033825 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Tmem28-201ENSMUST00000096363 3909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Zglp1-201ENSMUST00000115494 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Hoxd3P09027 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.5 ms