Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 Tlr2-201ENSMUST00000029623 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Adam10-201ENSMUST00000067880 4593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Reep4-201ENSMUST00000047218 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Repin1-201ENSMUST00000009420 3145 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Padi4-201ENSMUST00000026381 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Kmt5b-208ENSMUST00000113977 6002 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Gemin5-202ENSMUST00000102711 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Mtus2-204ENSMUST00000110514 1532 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Cyb5r3-201ENSMUST00000018186 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Gm26702-201ENSMUST00000181730 4570 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Rnf146-201ENSMUST00000037548 4402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Dstyk-204ENSMUST00000188389 3232 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Zfp446-204ENSMUST00000108537 2178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Clec16a-204ENSMUST00000115824 6244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Clec16a-202ENSMUST00000066345 6244 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Hnf1a-201ENSMUST00000031535 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Tcea1-202ENSMUST00000165720 2854 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Ptp4a1-202ENSMUST00000076587 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Chd4-201ENSMUST00000056889 6697 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Ifrd1-201ENSMUST00000001672 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Fuca1-201ENSMUST00000030434 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Gpr88-201ENSMUST00000090473 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Rfx1P48377 Atp13a3-201ENSMUST00000061350 7220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Ebag9-202ENSMUST00000226165 1931 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Csdc2-201ENSMUST00000038757 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Lmf1-202ENSMUST00000116641 1858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Lmf1-201ENSMUST00000063344 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Irf8-205ENSMUST00000162001 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Olfr317-202ENSMUST00000215513 2769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Tmem143-203ENSMUST00000209350 2466 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Grik5-201ENSMUST00000003468 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Mlec-201ENSMUST00000112121 5955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Cdkn2aip-202ENSMUST00000212175 3393 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Trmt112-202ENSMUST00000116551 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Stum-205ENSMUST00000211561 1063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Txndc11-203ENSMUST00000118679 3523 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Etl4-207ENSMUST00000114610 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Dnajc28-201ENSMUST00000049244 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Srcin1-202ENSMUST00000107593 3733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Adal-201ENSMUST00000028702 2471 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Slc35c2-203ENSMUST00000109299 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Rab9-202ENSMUST00000112091 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Itfg1-201ENSMUST00000034140 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Msx3-201ENSMUST00000055353 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Kcnip4-201ENSMUST00000087395 2366 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Cpsf6-206ENSMUST00000176670 2227 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm5478-201ENSMUST00000100184 2566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Rapsn-201ENSMUST00000050323 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Slc4a2-201ENSMUST00000080067 4179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Ciao1-204ENSMUST00000174030 1109 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Icam4-202ENSMUST00000215077 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Patz1-201ENSMUST00000057089 3118 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 8030474K03Rik-202ENSMUST00000151231 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Gm43509-201ENSMUST00000196551 2594 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Tcf19-203ENSMUST00000161012 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Edn3-201ENSMUST00000029030 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Sema3b-202ENSMUST00000102529 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Slc8b1-201ENSMUST00000068326 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Prrx1-202ENSMUST00000075805 4986 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Kctd3-201ENSMUST00000085678 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Rfx1P48377 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28 ms