Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Necab3-201ENSMUST00000000895 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Muc3a-201ENSMUST00000179412 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Fbxo27-201ENSMUST00000039998 1946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Phldb1-211ENSMUST00000135436 2844 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Wdr45b-201ENSMUST00000026173 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Celf4-206ENSMUST00000224553 1729 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ebag9-202ENSMUST00000226165 1931 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Cyp2a5-201ENSMUST00000005685 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Hmgb1-208ENSMUST00000139443 923 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 BC037032-201ENSMUST00000140003 3974 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tmc8-203ENSMUST00000117781 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tm4sf4-201ENSMUST00000029377 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 AC174678.1-201ENSMUST00000228007 2749 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dlx4os-201ENSMUST00000156477 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Lrwd1-201ENSMUST00000006301 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Rbfox3-203ENSMUST00000103023 2809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Chd1l-201ENSMUST00000029730 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 0610010K14Rik-204ENSMUST00000102569 778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dnajc2-202ENSMUST00000115192 1132 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm37335-201ENSMUST00000192656 447 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Klhl34-201ENSMUST00000087157 1935 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Arhgef25-201ENSMUST00000019611 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ilvbl-209ENSMUST00000218885 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Phf8-204ENSMUST00000112666 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Rnf114-202ENSMUST00000109214 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Arrb1-210ENSMUST00000179755 7135 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Arrb1-202ENSMUST00000098266 7132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Vps37c-201ENSMUST00000087951 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Slc37a4-203ENSMUST00000213388 2344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Unc93b1-203ENSMUST00000162708 2266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 4930429H19Rik-201ENSMUST00000205260 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tpm1-214ENSMUST00000113701 1677 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Mycbpap-201ENSMUST00000040692 1512 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 AC119177.1-201ENSMUST00000227647 1332 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Rplp2-203ENSMUST00000106004 421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Rasgrp2-205ENSMUST00000113471 535 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Tpm3-205ENSMUST00000121503 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm30437-201ENSMUST00000206086 1201 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 5033428I22Rik-203ENSMUST00000210614 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 4931406C07Rik-209ENSMUST00000217042 691 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ndufv2-201ENSMUST00000024909 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Mzb1-201ENSMUST00000025211 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ndufs8-201ENSMUST00000075092 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Nrip1-201ENSMUST00000054178 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Rfx5-201ENSMUST00000029772 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm16565-201ENSMUST00000159138 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Hps5-202ENSMUST00000107653 4702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Gm10814-201ENSMUST00000180505 1933 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ddc-201ENSMUST00000066237 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Srsf11-204ENSMUST00000121326 3106 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Ncf1-205ENSMUST00000144086 2882 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Mpp3-201ENSMUST00000062801 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Loxl4-203ENSMUST00000164786 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Acot10-201ENSMUST00000052910 1537 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 H2-T23-201ENSMUST00000102678 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Eftud2-202ENSMUST00000107060 3339 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Large2-214ENSMUST00000176774 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Fam219b-201ENSMUST00000093833 3001 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Atg4aQ8C9S8 Dhrs7c-205ENSMUST00000168612 1108 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.1 ms