Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Dusp15-203ENSMUST00000123121 2993 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rptor-201ENSMUST00000026671 6594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Hnf4a-201ENSMUST00000018094 4356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Syvn1-203ENSMUST00000134667 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Golt1b-201ENSMUST00000032372 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm26887-201ENSMUST00000181282 547 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm44430-201ENSMUST00000203376 995 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Casc4-201ENSMUST00000078752 4215 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Lmf1-202ENSMUST00000116641 1858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Lmf1-201ENSMUST00000063344 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ttc24-201ENSMUST00000050258 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Npnt-206ENSMUST00000117811 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm45504-201ENSMUST00000211407 2107 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Plin5-201ENSMUST00000019808 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Med25-210ENSMUST00000208253 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Mir124-2hg-202ENSMUST00000186746 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ncmap-204ENSMUST00000105859 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Appl1-201ENSMUST00000036570 7642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Patz1-201ENSMUST00000057089 3118 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sema3b-204ENSMUST00000102531 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ebf3-208ENSMUST00000210774 2994 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ccna2-201ENSMUST00000029270 2965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Fen1-204ENSMUST00000156291 2373 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Large2-203ENSMUST00000111284 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Stum-205ENSMUST00000211561 1063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Il17b-201ENSMUST00000025471 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gss-201ENSMUST00000079691 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Mtus2-204ENSMUST00000110514 1532 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Synrg-201ENSMUST00000049714 3995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tmpo-202ENSMUST00000072239 3533 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Eftud2-202ENSMUST00000107060 3339 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rad51-201ENSMUST00000028795 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tarsl2-201ENSMUST00000032728 3192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cbfa2t3-201ENSMUST00000006525 3161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Dnase1l2-201ENSMUST00000088506 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tcf19-203ENSMUST00000161012 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Faf1-201ENSMUST00000102724 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Zhx1-201ENSMUST00000070143 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Dnajc1-209ENSMUST00000166495 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Disc1-207ENSMUST00000121953 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 2810468N07Rik-201ENSMUST00000163493 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Psmd13-201ENSMUST00000026560 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Spag1-202ENSMUST00000171205 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Dhodh-201ENSMUST00000123605 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Ubr3-201ENSMUST00000055758 8072 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Asf1b-201ENSMUST00000005607 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Slc6a11-201ENSMUST00000032451 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sumo3-202ENSMUST00000099538 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Syn1-202ENSMUST00000115345 3261 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Camk2g-217ENSMUST00000226630 1937 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Rps3-201ENSMUST00000032998 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Pex3-202ENSMUST00000105539 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm16075-201ENSMUST00000135873 361 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Gm10052-201ENSMUST00000168019 960 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Usp4P35123 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17 ms