Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tcp1-207ENSMUST00000143961 614 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm2308-201ENSMUST00000166539 1004 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm6550-201ENSMUST00000187574 993 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Zfp706-204ENSMUST00000226671 447 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rbm26-202ENSMUST00000100327 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Fam83h-202ENSMUST00000170153 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm42901-201ENSMUST00000197735 3171 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Ssfa2-202ENSMUST00000111785 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm3045-201ENSMUST00000212844 1825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Hist3h2a-201ENSMUST00000108817 2146 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 BC037032-201ENSMUST00000140003 3974 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Plcxd1-201ENSMUST00000086687 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rhcg-201ENSMUST00000032766 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm13403-202ENSMUST00000134271 674 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Slc37a4-203ENSMUST00000213388 2344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm27528-202ENSMUST00000222916 2012 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Atp5o-201ENSMUST00000023677 838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cort-201ENSMUST00000030815 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Magi1-201ENSMUST00000055224 7007 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rcor1-202ENSMUST00000116388 2720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Edem2-201ENSMUST00000040833 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Ndufv1-201ENSMUST00000042497 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Alx1-204ENSMUST00000217946 1542 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Snx14-206ENSMUST00000173039 2970 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Ube2d3-208ENSMUST00000197134 2493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Klc4-201ENSMUST00000003642 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Snx18-201ENSMUST00000109241 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 2610206C17Rik-201ENSMUST00000129059 1717 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Xpo6-201ENSMUST00000009344 4455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tmco1-204ENSMUST00000195015 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Fgfr4-201ENSMUST00000005452 3324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Frs3os-201ENSMUST00000136531 978 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm42413-201ENSMUST00000196216 338 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm9449-201ENSMUST00000207265 1011 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tcf3-203ENSMUST00000105339 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Chpf-201ENSMUST00000079205 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Fzd10-201ENSMUST00000117102 3250 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Bclaf3-202ENSMUST00000112464 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rprd1a-201ENSMUST00000046206 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Fam241b-204ENSMUST00000125704 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cdcp1-201ENSMUST00000039229 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm28111-201ENSMUST00000187786 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cdc42se2-201ENSMUST00000064104 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Pxk-205ENSMUST00000225653 2765 ntAPPRIS P2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 AC122301.2-201ENSMUST00000219020 1474 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Smarcc1-204ENSMUST00000197984 3538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 R3hcc1-201ENSMUST00000118374 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Oxr1-206ENSMUST00000170127 4251 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Psmc4-201ENSMUST00000032824 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tm9sf1-204ENSMUST00000121937 2398 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 H2-T-ps-201ENSMUST00000172538 1067 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Urah-204ENSMUST00000185612 716 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Gm45144-201ENSMUST00000207473 354 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Urah-207ENSMUST00000211372 688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Urah-201ENSMUST00000026554 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Ipo8-201ENSMUST00000048418 5360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Crtc3-201ENSMUST00000122255 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Cyp2d10-201ENSMUST00000072776 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Akt2-202ENSMUST00000085917 1392 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Acbd5-206ENSMUST00000155602 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Trappc10-201ENSMUST00000000384 5047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Trim11-201ENSMUST00000093061 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Rcn2-201ENSMUST00000114276 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Maged1-201ENSMUST00000026142 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Ppp1r2-201ENSMUST00000060188 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Diaph2-201ENSMUST00000037854 3742 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Upf3bQ3ULL6 Tulp3-201ENSMUST00000001562 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.6 ms