Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Cd5-201ENSMUST00000025571 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gmppa-201ENSMUST00000037796 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm5922-201ENSMUST00000214963 1723 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ldha-210ENSMUST00000209984 1815 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Slc35f2-201ENSMUST00000048670 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm11201-201ENSMUST00000143473 701 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Alms1-ps2-201ENSMUST00000160606 1170 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm10044-204ENSMUST00000170177 659 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 4930593C16Rik-202ENSMUST00000214011 714 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm9945-201ENSMUST00000067523 932 ntAPPRIS P1 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Cdpf1-201ENSMUST00000071876 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Med8-203ENSMUST00000084319 1134 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Fam133b-201ENSMUST00000115527 1491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Dph5-204ENSMUST00000189799 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Pnliprp2-201ENSMUST00000026081 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Commd10-201ENSMUST00000049388 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Selenok-201ENSMUST00000112268 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Rab27b-202ENSMUST00000117692 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Rcc2-202ENSMUST00000071169 3999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Kmt5b-208ENSMUST00000113977 6002 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gata6-201ENSMUST00000047762 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Anks1-203ENSMUST00000114842 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 2510009E07Rik-201ENSMUST00000053336 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ggn-204ENSMUST00000208330 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 E230001N04Rik-202ENSMUST00000181029 2091 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tmco1-204ENSMUST00000195015 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm18489-201ENSMUST00000172565 551 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 2410002F23Rik-214ENSMUST00000186606 748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm37277-201ENSMUST00000194052 1111 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 B9d2-203ENSMUST00000205658 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Thap2-203ENSMUST00000218989 527 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Lce1d-201ENSMUST00000029524 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Myoz3-201ENSMUST00000056533 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Nutf2-201ENSMUST00000008594 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Dgkz-202ENSMUST00000099709 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gps1-207ENSMUST00000172809 2000 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Lrfn1-202ENSMUST00000108288 3060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Idh2-201ENSMUST00000107384 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ppm1d-201ENSMUST00000020835 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Pid1-201ENSMUST00000168574 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tmem269-202ENSMUST00000212054 1504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Iqsec3-201ENSMUST00000046373 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 P4ha2-215ENSMUST00000174616 2094 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 AC126250.1-201ENSMUST00000228343 1768 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Dag1-203ENSMUST00000171412 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Rsbn1-202ENSMUST00000068879 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Dnajc19-201ENSMUST00000011029 2499 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Hand1-201ENSMUST00000036917 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Lrrc24-202ENSMUST00000049956 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm26669-201ENSMUST00000181323 1808 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Romo1-203ENSMUST00000109598 362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Ninj2-202ENSMUST00000112711 853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Il15ra-206ENSMUST00000114834 784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm9385-201ENSMUST00000117563 472 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 1700060J05Rik-201ENSMUST00000138377 1060 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 1500015A07Rik-203ENSMUST00000184678 890 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gm10253-201ENSMUST00000194270 940 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Atf5-203ENSMUST00000209072 595 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Plpp2-205ENSMUST00000218241 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 2900055J20Rik-201ENSMUST00000096572 723 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Gstm4-201ENSMUST00000029489 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Chga-201ENSMUST00000021610 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Itgav-202ENSMUST00000111740 6788 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Usp30-201ENSMUST00000031588 4604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Rps19-201ENSMUST00000108428 1284 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Lcn6-202ENSMUST00000114197 635 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Col8a1Q00780 Hoxa13-202ENSMUST00000114416 769 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms