Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Tmem241-205ENSMUST00000209859 1426 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Suco-201ENSMUST00000048377 6327 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm15559-201ENSMUST00000132267 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Fbxl8-201ENSMUST00000036221 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Miga1-202ENSMUST00000073089 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Exo5-204ENSMUST00000177880 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Exo5-201ENSMUST00000030375 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Adamts17-201ENSMUST00000098382 6025 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pcbp3-206ENSMUST00000168465 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Rpl27-201ENSMUST00000077856 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Trp53rkb-203ENSMUST00000151826 4426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Bsx-201ENSMUST00000067375 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ube2j1-202ENSMUST00000124992 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Eif2b1-201ENSMUST00000031334 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Efcab14-204ENSMUST00000106525 2792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Dyrk3-201ENSMUST00000016670 3164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pde4d-208ENSMUST00000120671 2455 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Grm6-204ENSMUST00000171427 4330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Chst8-204ENSMUST00000205259 1980 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Uba52-203ENSMUST00000125184 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Fbln1-202ENSMUST00000109432 2273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 1600014C10Rik-208ENSMUST00000179525 2326 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Naa15-201ENSMUST00000029303 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Sass6-205ENSMUST00000198311 2404 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ccdc137-201ENSMUST00000058370 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Rbm26-203ENSMUST00000163499 4212 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Pacs2-201ENSMUST00000084891 5480 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm16425-201ENSMUST00000118143 3130 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 D1Pas1-201ENSMUST00000045108 3212 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Fam219a-201ENSMUST00000108049 3296 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gm11839-201ENSMUST00000120647 1953 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Xylt2-201ENSMUST00000116349 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Gxylt2-201ENSMUST00000032157 7658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Atg4d-201ENSMUST00000065005 5951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Ecel1-203ENSMUST00000160810 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col28a1Q2UY11 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mis12-206ENSMUST00000164220 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Fcgrt-203ENSMUST00000210642 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Cdadc1-204ENSMUST00000171683 1892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Irf3-201ENSMUST00000003284 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Hacd4-201ENSMUST00000030221 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Adora2a-201ENSMUST00000105420 2596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Fdx1-202ENSMUST00000214013 2759 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.1 ms