Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Map6-203ENSMUST00000122101 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ano10-201ENSMUST00000042546 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ttc22-201ENSMUST00000047922 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Vps51-204ENSMUST00000159832 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Stard5-201ENSMUST00000075418 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Stk11-202ENSMUST00000105370 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dnajc2-203ENSMUST00000115193 2416 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Vangl2-202ENSMUST00000111263 6528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Slc6a9-201ENSMUST00000030269 3479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Rnf186-201ENSMUST00000116094 1249 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm28402-201ENSMUST00000188574 373 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Stard7-201ENSMUST00000110374 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Plscr3-202ENSMUST00000108632 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hoxd12-201ENSMUST00000001878 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Psmd4-203ENSMUST00000117355 1756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Kank1-201ENSMUST00000049400 5637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mcm9-201ENSMUST00000075540 4882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fam184a-201ENSMUST00000020003 4164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Idh2-201ENSMUST00000107384 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Wnt10b-206ENSMUST00000228546 2709 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Psen2-204ENSMUST00000111106 2020 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 4921539H07Rik-202ENSMUST00000200072 1665 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ppp4r4-201ENSMUST00000021631 3964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gnal-201ENSMUST00000025402 5616 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Cttn-202ENSMUST00000103079 3286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Galnt13-204ENSMUST00000112636 7530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Agbl5-213ENSMUST00000201917 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 BC051226-201ENSMUST00000172526 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Sympk-201ENSMUST00000023882 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ube2d3-210ENSMUST00000197539 2515 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Xylt2-201ENSMUST00000116349 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hcfc2-201ENSMUST00000020478 3422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmem143-203ENSMUST00000209350 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Zbtb20-202ENSMUST00000114690 2759 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gjb6-201ENSMUST00000039380 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mark2-209ENSMUST00000165965 2874 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Daxx-201ENSMUST00000079421 2580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Shmt2-201ENSMUST00000026470 2289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Hars-201ENSMUST00000001416 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Traf7-210ENSMUST00000176353 2503 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mdm1-202ENSMUST00000163238 2461 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Klhl26-202ENSMUST00000166976 2734 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Nes-201ENSMUST00000090973 6126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Tmem161a-214ENSMUST00000182980 2080 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Dnajb14-201ENSMUST00000090178 9477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 1500009L16Rik-201ENSMUST00000150459 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm27357-201ENSMUST00000183754 135 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm7461-201ENSMUST00000058918 827 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Usp4P35123 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Arhgef1-218ENSMUST00000206508 3195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Dbn1-203ENSMUST00000109923 2940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Fscn1-201ENSMUST00000031565 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Msi1-208ENSMUST00000150779 3133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Krt2-201ENSMUST00000023712 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Usp4P35123 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.4 ms