Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Rnf40Q3U319 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Rnf40Q3U319 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Rnf40Q3U319 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Rnf40Q3U319 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Rnf40Q3U319 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 136.7 ms